Để đáp ứng yêu cầu quản lý về hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp ngày càng cao thì việc hoàn thiện tổ chức công tác thuế giá trị gia tăng phải dựa trên những nguyên tắc sau:
-Hoàn thiện phải tuân thủ hệ thống kế toán, chế độ kế toán mới nhất do Nhà nước ban hành nhưng không cứng nhắc mà linh hoạt. Để đáp ứng nhu cầu về quản lý đồng bộ hoạt động kinh tế tài chính của các doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế trong nước, Nhà nước ta đã xây dựng và ban hành những qui định trong việc sử dụng, ghi chép hóa đơn, chứng từ, kê khai thuế, khấu trừ thuế và nộp thuế. Đây là những văn bản có tính bắt buộc. Bởi vậy khi hoàn thiện không vi phạm các qui định hiện hành về thuế. Mặc dù vậy doanh nghiệp cũng cần có sự linh hoạt trong việc vận dụng các chính sách, chế độ và chuẩn mực kế toán của Nhà Nước để phù hợp với yêu cầu quản lý của doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp thấy không phù hợp thì có kiến nghị sửa đổi, bổ sung trong khuôn khổ nhất định và có sự cho phép của cấp có thẩm quyền.
-Hoàn thiện phải dựa trên cơ sở phù hợp với đặc điểm sản xuất kinh doanh của Công ty. Mỗi công ty có những đặc điểm khác nhau về tổ chức sản xuất kinh doanh, loại hình kinh doanh và trình độ yêu cầu quản lý. Do vậy việc vận dụng hệ thống, chế độ, thể lệ tài chính kế toán trong doanh nghiệp phải hợp lý, sáng tạo, phù hợp với đặc điểm riêng của doanh nghiệp.
-Hoàn thiện trên cơ sở đáp ứng yêu cầu về thông tin phải nhanh chóng, kịp thời, chính xác phù hợp với yêu cầu quản lý của doanh nghiệp, giúp cho người quản lý đề ra mục tiêu, xây dựng phương hướng, cách thức thực hiện mục tiêu và chỉ ra những nguồn lực cần thiết để đạt mục tiêu đó.
-Hoàn thiện trên cơ sở tiết kiệm chi phí: Doanh nghiệp hoạt động với mục đích chủ yếu là lợi nhuận, lợi nhuận càng cao chứng tỏ doanh nghiệp kinh doanh có hiệu quả, ngày càng phát triển. Do đó, không thể tách rời hoạt động của doanh nghiệp với mục đích hạch toán kinh tế