Km với chất nền có chiều dài khác nhau bằng cách đầu tiên sử dụng liên kết phân cắt thường, như nhóm Thoma đã làm. Sau đó tìm thấy rằng giá trị Km giảm liên tục theo chuỗi dài, nhưng Vmax tăng cho đến khi cơ chất còn 8 đơn vị chiều dài. Tất cả các phân tử đều có năng lượng liên kết âm trừ phân tử thứ 6, với phân tử thứ 3 và thứ 7 thì ở gần 0. Vị trí phân cắt là giữa phân tử thứ 6 và thứ 7 và tổng số phân tử là 8. Nó dường như có một phân tử tryptofan và một phân tử tyrosine ở gần vị trí cắt và một phân tử histidine được đặt tại phân tử thứ nhất hoặc thứ ba, khi enzyme hoạt động cho G6 và lớn hơn nếu phân tử histidine này bị biến đổi bởi sự oxyhoá của ánh sáng. Lý thuyết về phân tử dễ dàng giải thích tại sao các enzyme thuỷ phân nội bào và ngoại bào sẽ tăng hoạt tính với sự tăng Vmax và sự giảm Km trên cơ chất có chuỗi dài tăng. Cơ chất mà không đủ dài để làm đầy các phân tử có năng lượng liên kết âm thì sẽ không thuận lợi, khi đó chúng không mạnh để chịu đựng sự phân cắt nhanh chóng. Khi cơ chất trở nên nhỏ hơn dần, lực liên kết ngày càng yếu dần và phản ứng ngày càng chậm hơn. Sự khác nhau về năng lượng liên kết từ phân tử đến phân tử có thể đáp ứng thay thế cho những cơ chất ngắn về vị trí phân cắt để sản phẩm đặc biệt được tạo ra. Trong trường hợp của B. amyloliquefaciens α-amylase, vị trí không đối xứng của điểm phân cắt quyết định G4 và G5 sẽ không được tạo thành với số lượng cao.
4.2.3. α-Amylase từ thermophilic bacilli