Công cụ khai thác dữ liệu:
Tìm kiếm thông tin sinh học dựa trên từ khóa có dạng văn bản: Entrez: chứa các phương thức tìm kiếm như tìm kiếm dựa trên accession number, hay dựa theo tên sinh vật, tên gene, tên protein,… trên tất cả các cơ sở dữ liệu.
Tìm kiếm trình tự tương đồng: có phần mềm điển hình như:
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool): có BLAST Homepage là nơi cung cấp thông tin hướng dẫn về BLAST, chương trình BLAST,…
Blink: nơi hiển thị kết quả bằng BLAST trên mọi protein có trong mọi cơ sở dữ liệu protein Entrez.
Network-client BLAST: client BLAST (blastcl3) có thể thâm nhập vào bộ máy BLAST của NCBI. Blastcl3 này có thể tìm kiếm tất cả các trình tự dưới dạng file FASTA và tạo sự gióng cột một-
nhiều trình tự, sau đó lưu dưới dạng file text hay HTML. Ngoài ra, blastcl3 còn có thể thực hiện việc tìm kiếm trên nhiều cơ sở dữ liệu.
Stand-alone BLAST: là phần mềm có thể tải về từ NCBI. Phần mềm này thực hiện việc tìm kiếm các trình tự tương tự trên cơ sở dữ liệu trình tự cục bộ.
Phân loại sinh vật:
Taxonomy Browser: công cụ thực hiện việc tìm kiếm trên cơ sở dữ liệu Taxonomy.
Taxonomy BLAST: nhóm lại những kết quả có tỉ lệ tương đồng khi thực hiện BLAST, tùy thuộc vào sự phân loại của chúng trong cơ sở dữ liệu Taxonomy.
TaxTable: tóm tắt kết quả sau khi thực hiện BLAST với cơ sở dữ liệu Taxonomy và hiển thị mối quan hệ giữa sinh vật này với sinh vật khác bằng các biểu đồ màu.
Công cụ phục vụ cho việc góp trình tự protein, DNA, EST, STS,… lên NCBI
Sequin: phần mềm này có thể tải về từ NCBI, hổ trợ cho việc tạo ra những file văn bản (chứa trình tự, tên tác giả, bài báo,…) có cấu trúc theo khuôn mẫu. Trong phần mềm này còn kèm theo một số công cụ nhỏ như công cụ tìm khung đọc mở, công cụ gióng cột trình tự,… phần mềm này thích hợp cho việc góp nhiều trình tự cùng một lúc.
NCBI còn tích hợp khá nhiều những công cụ, phần mềm phân tích trình tự DNA, protein như: BanklIt, ORF Finder, Electronic-PCR (e-PCR), VecScreen, Homologene, COGs, COGnitor, GEO, MGC, Clone Registry, CDD, LocusLink,…
Phần 3
PHƢƠNG PHÁP VÀ CHƢƠNG TRÌNH SỬ DỤNG
CÁC PHẦN MỀM ĐƢỢC SỬ DỤNG