Ngay sau khi Việt Nam gia nhập ASEAN, Tổng cục hải quan đã triển khai kế hoạch thuế quan u đãi và phi thuế bắt đầu từ 1996 - 2003, giảm dần mức thuế suất 15 nhóm mặt hàng với khoảng 40.000 loại hàng hoá với mức thuế từ 20% xuống còn 5% và đến 0%. Số còn lại thuộc nhóm thứ 2 sẽ tiếp tục giảm trong thời gian sau đó theo lộ trình chung của AFTA. Đồng thời điều chỉnh thuế nhập khẩu đi tới thống nhất với ASEAN: theo chơng trình CEPT. Mặt khác, ngành hải quan đã phối hợp với các ngành chức năng xây dựng danh mục 200.000 mặt hàng xuất nhập khẩu đi tới thống nhất mã số 8 con số theo mã số chung của ASEAN thay cho mã số 6 con số. Ngày 29/9/1999, tại Hội nghị lần thứ 13 Hội đồng AFTA họp ở Singapore, các nớc tham gia đã bàn các biện pháp đẩy nhanh tiến trình thực hiện AFTA tiến tới loại bỏ hàng rào thuế quan và phi thuế quan trong ASEAN, và thoả thuận tạo thuận lợi cho nhau giao lu thơng mại trong thời gian tới.
Đối với 6 nớc thành viên cũ sẽ thực hiện đa 85% số sản phẩm có thuế suất từ 0 đến 5% vào năm 2000, và đến 2002 sẽ đa 100% sản phẩm có thuế suất đó (sớm hơn 1 năm). Đồng thời, hội nghị cũng khuyến khích các nớc thành viên mới giảm thuế suất còn 0 - 5% vào năm 2003 đối với Việt Nam, và 2005 đối với Lào và Mianma. Đến năm 2005, thuế suất nhập khẩu của 6 nớc thành viên cũ là 0%, và 4 nớc thành viên mới sẽ thực hiện mức thuế này vào năm 2008. Việt Nam đệ trình 4
Danh mục hàng hoá của mình để tham gia chơng trình cắt giảm thuế quan. Việc phân loại hàng hoá vào các Danh mục về cơ bản đợc tiến hành theo nh các quy định của ASEAN. Trên thực tế, hớng chính khi xây dựng các Danh mục là đa các mặt hàng hiện đang có thuế suất thấp vào các Danh mục cắt giảm và mở rộng phạm vi của Danh mục loại trừ tạm thời để trì hoãn thời điểm thực hiện việc cắt giảm, đảm bảo yêu cầu không gây ra tác động lớn cho nền kinh tế trong một thời gian trớc mắt, kéo dài đến mức có thể sự bảo hộ đối với sản xuất trong nớc để có thêm thời gian chuẩn bị. Việt Nam tham gia tích cực vào quá trình đơn giản hoá các thủ tục xuất nhập khẩu nh: Thủ tục nộp khai hoá hàng hoá khi xuất khẩu, nhập khẩu, kiểm tra hàng hoá, cấp giấy chứng nhận xuất xứ hồi tố, hoàn thuế. Việc hải quan Việt Nam cùng với hải quan các nớc ASEAN thống nhất thành lập cửa giải quyết thủ tục hải quan riêng cho các mặt hàng nhập khẩu theo Hiệp định CEPT tại cửa khẩu của mỗi nớc thành viên mà thủ tục hải quan trung bình giảm xuống còn 3 giờ 45 phút thay giờ 9 giờ 30 phút.