Khi nói về những hạn chế của công tác quản lý hiện nay, trên thực tế cho thấy, hiện chưa có quy định hoặc văn bản nào cấm trồng rau không an toàn. Chức năng của Chi cục BVTV thành phố là cấp phép cho những đơn vị trồng RAT. Nghĩa là chúng ta chỉ có thể làm được việc xây dựng vùng RAT chứ chưa thể loại bỏ những vùng trồng rau không an toàn.
Công tác quản lý và sử dụng thuốc BVTV mặc dù đã đạt được một số kết quả đáng khích lệ nhưng tình trạng sử dụng thuốc ngoài danh mục, không đảm bảo thời gian cách ly... vẫn phổ biến ở nhiều địa phương.
Bên cạnh những địa phương triển khai tốt cơ chế khuyến khích sản xuất RAT cũng có không ít vùng chưa đầu tư để quy hoạch vùng sản xuất RAT, sản xuất vẫn mang tính nhỏ lẻ, phân tán, áp dụng quy trình kỹ thuật chưa cao, chưa đồng nhất, chưa có cán bộ kỹ thuật, nhà khoa học hướng dẫn nông dân cách trồng, chăm sóc RAT,…Nhà khoa học chưa nghiên cứu ra các giống rau mới có năng suất cao, chịu được thời tiết khắc nghiệt, chi phí thấp…Công tác quản lý sản xuất RAT ở các địa phương chưa thực sự chặt chẽ, chưa chủ động phối hợp với các cơ quan chuyên môn. Việc đầu tư xây dựng hạ tầng cho vùng sản xuất RAT còn thiếu và yếu. Cơ chế chính sách cho sản xuất RAT chưa hoàn thiện nên chưa khuyến khích được nông dân tham gia. Công tác quản lý kinh doanh RAT của ngành thương mại còn lỏng lẻo, chưa làm tốt công tác hậu kiểm chính là những khó khăn trong phát triển sản xuất RAT.
