Các lệnh của chơng trình, nếu không có những lệnh điều khiển riêng, sẽ đợc thực hiện theo thứ tự từ trên xuống dới trong một vòng quét. Lệnh điều khiển chơng trình cho phép thay đổi thứ tự thực hiện lệnh. Chúng cho phép chuyển thứ tự thực hiện, đáng lẽ ra là tiếp theo, tới một lệnh bất cứ nào khác của chơng trình, trong đó nơi điều khiển chuyển đến phải đợc đánh dấu trớc bằng một nhãn chỉ đích. Thuộc nhóm lệnh điều khiển trong chơng trình gồm: lệnh nhảy, lệnh gọi chơng trình con. Nhãn chỉ đích, hay gọi đơn giản là nhãn, phải đợc đánh dấu trớc khi thực hiện lệnh nhảy hay lệnh gọi chơng trình con.
Việc đặt nhãn cho lệnh nhảy phải nằm trong chơng trình. Nhãn của chơng trình con, hoặc của chơng trình xử lý ngắt đợc khai báo ở đầu chơng trình. Không thể dùng lệnh nhảy JMP để chuyển điều khiển từ chơng trình chính vào một nhãn bất kỳ trong chơng trình con hoặc chơng trình xử lý ngắt. Tơng tự nh vậy cũng không thể từ một chơng trình con hay chơng trình xử lý ngắt vào bất cứ một nhãn nào nằm ngoài các chơng trình đó.
Lệnh gọi chơng trình con là lệnh chuyển điều khiển đến chơng trình con. Khi chơng trình con thực hiện xong các phép tính của mình thì việc điều khiển lại đợc chuyển về lệnh tiếp theo trong chơng trình chính nằm ngay sau lệnh gọi chơng trình con. Từ một chơng trình con có thể gọi đợc một chơng trình con khác trong nó, có thể gọi nh vậy nhiều nhất 8 lần trong S7-200. Đệ quy (trong một chơng trình con có lệnh gọi đến chơng trình chính nó) về nguyên tắc không bị cấm song phải để ý đến giới hạn trên.