Trong bất kỳ một cơ quan nào thì khâu tổ chức cũng là quan trọng nhất. Các bộ phận, phòng ban trong cơ quan như là các bộ phận của cơ thể. Vấn đề đặt ra là làm thế nào để các bộ phận có thể phối hợp hoạt động một cách nhịp nhàng, cân đối, đạt hiệu quả cao chi phí thấp.
Ngân hàng công thương Hoàn Kiếm là chi nhánh của một ngân hàng thương mại quốc doanh. Do vậy khi chuyển đổi cơ cấu kinh tế, nó vẫn còn mang một chút gì đó của thời bao cấp. Tính năng động, thích nghi với các điều kiện, các yếu tố trong nền kinh tế thị trường không cao bằng các ngân hàng thương mại cổ phần, chi nhánh ngân hàng nước ngoài...Do thuộc sở hữu của Nhà nước, ngoài thực hiện các chức năng của ngân hàng thương mại, Ngân hàng còn phải thực hiện các nhiệm vụ khác theo yêu cầu của chính phủ mà trực tiếp là Ngân hàng công thương Việt Nam. Đây là một trong những yếu tố góp phần làm giảm tính chủ động cho chi nhánh.
Các quỹ tiết kiệm là những nơi tiếp xúc với khách hàng đầu tiên. Tuy nhiên, ta vẫn thấy ở đâu đó, các nhân viên của quỹ tiết kiệm thờ ơ, không lịch sự trong giao tiếp với khách hàng. Đó là bóng dáng người của thời kỳ cũ, cần phải loại trừ. Phải quán triệt cho đội ngũ nhân viên trong việc thực hành tiết
kiệm, chống lãng phí về điện, nước, giấy, bút...
Trong bảng chấm công hàng ngày của Ngân hàng công thương Hoàn Kiếm, những nhân viên nào nghỉ thì bị trừ lương. Điều này cần áp dụng cả trong trường hợp nhân viên đến muộn hay về trước thời gian quy định. Hay nói khác đi, trước đây tính thời gian với đơn vị là ngày thì nay có thể chuyển sang nửa giờ, 1 giờ... Có như vậy thì mới làm tăng tính chuyên nghiệp của nhân viên ngân hàng.
Ngân hàng phải tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát tất cả các phòng ban, các bộ phận. Hoạt động này cần được duy trì thường xuyên, liên tục, bảo đảm an toàn, hiệu quả trên mọi mặt hoạt động của ngân hàng. Đối chiếu số dư tài khoản với các thẻ, kiểm tra chặt chẽ việc huy động tiền gửi với các chứng từ... Vấn đề chống tham ô, tham nhũng, chống kết bè kết phái phải được coi trọng. Bộ máy lãnh đạo phải gồm những người trong sạch về đạo đức, có trình độ chuyên môn cao, có năng lực quản lý điều hành. Việc xét tuyển, đề bạt cán bộ công chức phải dựa trên cơ sở thực tài. Những người được đề bạt phải qua kiểm tra trình độ, kinh nghiệm... và quá trình kiểm tra này phải công khai, công bằng.
Ngoài ra, một vấn đề rất quan trọng của Ngân hàng công thương Hoàn Kiếm là vấn đề nên tách Phòng giao dịch Đồng Xuân thành một chi nhánh con nằm trong Ngân hàng công thương Hoàn Kiếm. Phòng giao dịch Đồng Xuân là một phòng giao dịch lớn có đầy đủ các hoạt động trừ hoạt động thanh toán ngoại tệ và huy động vốn. Tuy nhiên, số lượng huy động cũng như khách hàng của Phòng giao dịch Đồng Xuân là rất lớn. Yêu cầu đặt ra là phải tách ra thành một đơn vị riêng có đầy đủ các hoạt động nghiệp vụ nhưng vẫn hạch toán phụ thuộc vào Ngân hàng công thương Hoàn Kiếm.
Nói chung, một ngân hàng hiện đại trong tương lai là phải có bộ máy gọn nhẹ, được sắp xếp có tính khoa học cao. Ngân hàng công thương Hoàn Kiếm nên lấy tiêu chí này trong việc tổ chức, quản lý, hoạt động.