- Các vụ tràn dầu trên biển đẫn đến sự phá hủy nghiêm trọng các hệ sinh thái vùng
Trong quá trình hoạt động, nuôi trồng thuỷ sản tạo ra các tác động tiêu cực đối với môi trường như việc dư thừa
tác động tiêu cực đối với môi trường như việc dư thừa thức ăn nhân tạo trong quá trình nuôi, làm thay đổi cấu trúc chuỗi thức ăn tự nhiên của môi trường; làm thay đổi cấu trúc quần xã động vật đáy do một số nhóm ưa các thức ăn dư thừa này hơn một số nhóm khác
những tác động lớn của việc nuôi trồng thâm canh các loài thuỷ sản đối với môi trường nước xung quanh là hiện tượng phú dưỡng
việc du nhập các đối tượng nuôi mới (thường là các loài biến đổi gen) và một số bệnh phát sinh trong quá trình nuôi của các này có thể gây bệnh cho các loài địa phương
Để hạn chế các tác động bất lợi của nuôi trồng và chế biến thuỷ sản đối với môi trường, cần thực hiện một số biện pháp sau đây:
Bảo đảm nguyên tắc đánh giá tác động môi trường cần thiết cho các chương trình và dự án mới trong ngành nuôi tôm.
Cấm xây dựng các ao nuôi tôm ở những vùng đước lâu năm. Phát triển cơ chế đồng quản lý rừng đước trên cơ sở cộng đồng.
Xúc tiến chương trình giáo dục cho tất cả các bên liên quan từ cán bộ quản lý đến cá nhân những người nuôi tôm về khái niệm phát triển bền vững
Quản lý chặt chẽ việc sử dụng thức ăn và thuốc kháng sinh trong nuôi trồng thuỷ sản.
Xử lý nghiêm ngặt đối với các cơ sở vi phạm vệ sinh môi trường.
Khẩn trương xây dựng quy hoạch vùng nuôi tôm, nhất là nuôi tôm trên cát, rà soát lại diện tích nuôi trồng để có biện pháp quản lý thích hợp.