- Bao nhiêu mRNA của gen eX hiện diện? Độ dài mRNA của gene X?
Mảng chứa mẫu dò oligonucleotide:
+ Các chip tổng hợp in situ này có thể chứa đến 6.500 gene khác nhau, mỗi gene được đại diện bởi ít nhất một tập hợp của xấp xỉ 20 “cặp mẫu dò” khác nhau .
+ Do phương pháp này không sử dụng mẫu đối chứng và mẫu dò có trình tự ngắn (25- 60 base) nên để tăng tính chính xác và loại bỏ các tín hiệu nhiễu người ta đã nghĩ ra mô mẫu dò bắt cặp không hoàn hảo/hoàn hảo (MM/PM).
+ Oligonucleotide bắt cặp hoàn hảo khác oligonucleotide bắt cặp không hoàn hảo chỉ một base chính giữa. So sánh cường độ dấu hiệu MM/PM để quyết định tính đặc hiệu gắn.
+ Ô đầu tiên trong hình cho thấy hiệu quả lai của các mẫu dò MM/PM như nhau nên không được dùng để đánh giá. Tương tự, vùng 3 không được đánh giá vì
cường độ tín hiệu lai MM/PM như nhau, cho thấy kết quả lai không đặc hiệu. Tất cả các vùng khác có kết quả lai đặc hiệu và là đối tượng phân tích.
* Ưu điểm:
+ Các điều kiện được điều khiển chính xác, chip có chất lượng đồng nhất và có thể so sánh hiệu quả.
+Có thể xác định các gene liên quan gần. + Có khả năng định lượng.
+ Cần lượng nhỏ đích .
+ Mật độ mẫu dò lớn cho phép phân tích nhiều gen hơn trên một array.
+ Chỉ dựa trên thông tin trình tự tức chỉ việc dựa trên các trình tự đã biết và tổng hợp mẫu dò rồi gắn trên mảng mà không phụ thuộc vào bất cứ một phương pháp nào khác
như PCR, tách dòng… do đó tránh được sai số thực nghiệm cũng như lãng phí nếu xác định sai dòng, cDNA hoặc chấm từ những công việc này như gặp phải với phương pháp blot.
*Nhược điểm:
+ Các trình tự được chọn dựa ngân hàng gene nên có thể phải chỉnh sửa. + Mẫu dò ngắn làm giảm độ nhạy và tính đặc hiệu
+ Không thể so sánh đồng thời sự biểu hiện gene của hai mẫu thí nghiệm liên quan trên cùng một mảng .