Trường hợp một đối tượng cư trú của Việt Nam có thu nhập và phải nộp thuế tại Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam (theo mức thuế được miễn hoặc giảm như một ưu đãi đặc biệt), nếu tại Hiệp định, Việt Nam cam kết thực hiện Biện pháp khấu trừ số thuế khoán thì khi đối tượng cư trú đó kê khai thuế thu nhập tại Việt Nam, các khoản thu nhập đó sẽ được tính vào thu nhập chịu thuế tại Việt Nam theo quy định của Luật thuế Việt Nam và số tiền thuế khoán sẽ được khấu trừ vào số thuế phải nộp tại Việt Nam. Tuy nhiên, trong mọi trường hợp số tiền thuế khoán được khấu trừ không vượt quá số thuế phải nộp tại Việt Nam tính trên thu nhập từ nước ngoài theo Luật thuế Việt Nam.
Số thuế khoán là số thuế lẽ ra đối tượng cư trú của Việt Nam phải nộp tại Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam trên khoản thu nhập phát sinh tại Nước ký kết đó, nhưng theo quy định tại luật của Nước ký kết đó được miễn hoặc giảm như một biện pháp ưu đãi đặc biệt.
Ví dụ 40: Công ty Q của Việt Nam có một cơ sở thường trú tại U-dơ-bê-ki- xtăng. Trong năm 2004, cơ sở thường trú này được xác định có khoản thu nhập là 100.000 đô la Mỹ. Theo quy định tại Luật thuế U-dơ-bê-ki-xtăng, khoản thu nhập này được miễn thuế như một biện pháp ưu đãi đặc biệt (trường hợp không
được miễn, sẽ phải nộp thuế với mức thuế suất 33%). Công ty Q có nghĩa vụ nộp thuế tại Việt Nam theo mức thuế suất 28%. Theo quy định tại Hiệp định Việt Nam - U-dơ-bê-ki-xtăng (Khoản 5, Điều 24: Xoá bỏ việc đánh thuế hai lần), Việt Nam có nghĩa vụ khấu trừ số thuế khoán (tức là số thuế đáng ra đã phải nộp nhưng được miễn tại U-dơ-bê-ki-xtăng). Trong trường hợp này, việc kê khai nộp thuế và khấu trừ số thuế khoán của công ty Q ở Việt Nam như sau:
- Xác định số thuế khoán tại U-dơ-bê-ki-xtăng (theo Luật thuế U-dơ-bê-ki- xtăng):
100.000 đô la Mỹ x 33% = 33.000 đô la Mỹ
- Xác định số thuế phải nộp tại Việt Nam (theo Luật thuế Việt Nam); 100.000 đô la Mỹ x 28% = 28.000 đô la Mỹ
Như vậy, công ty Q trên thực tế không phải nộp thuế nhưng được coi như đã nộp 28.000 đô la Mỹ (trong tổng số 33.000 đô la Mỹ tính theo luật thuế U-dơ- bê-ki-xtăng trước khi được hưởng ưu đãi) và được trừ số thuế này vào thuế phải nộp tại Việt Nam (tức là không phải nộp thuế tại Việt Nam).