Tác động của nước thấm từ bãi rác đối với nguồn nước ngầm là hết sức quan trọng. Ở những khu vực lượng mưa thấp (vùng khô) thì ảnh hưởng của nước thấm từ bãi rác là không đáng ngại, nhưng đối với các khu vực có lượng mưa trung bình năm cao như tại khu vực huyện cưmgar thì các ảnh hưởng xấu là có thể xảy ra. Các chất trong nước thải thấm từ bãi chôn lấp có thể phân ra làm 4 loại sau:
- Các ion và nguyên tố thông thường như: Ca, Mg, Fe, Na … - Các kim loại nặng có vết như: Mn, Cr, Ni, Pb, Cd….
- Các hợp chất hữu cơ thường đo dưới dạng TOC hoặc COD và chất hữu cơ riêng biệt như phenol.
- Các vi sinh vật.
Ảnh hưởng của các chất hữu cơ trong nước ngầm sẽ rất lâu dài do tốc độ ôxy hóa chậm trong nước ngầm (oxy hòa tan ít). Ngoài ra, các kim loại nặng và vi sinh vật có thể thấm qua đáy và thành bãi xuống nước ngầm. Nước ngầm bị ô nhiễm sẽ không thích hợp làm nguồn nước cấp cho tương lai. Bản chất của địa tầng và dòng chảy, nước ngầm sẽ mở rộng sự ô nhiễm theo các vectơ từ bãi thải xuống nước ngầm. Một vài chất có tính bền hóa học và một vài chất không bền trong môi trường của nước ngầm. Việc phân loại và xác định chúng rất khó do đó cần nhiều giếng giám sát và phân tích mẫu định kỳ.
Tuy nhiên, khả năng tác động xấu đến nguồn nước ngầm còn phụ thuộc quan trọng vào độ thấm nước (tính chất đất, vị trí) của nền bãi. Theo khả năng gây ô nhiễm của bãi có thể chia làm 3 nhóm:
- Bãi không thấm.
- Bãi ở đó các thành phần đất cát, sỏi như là chất lọc nước.
- Bãi có vết nứt và nước thấm qua bãi có thể lan truyền đi xa hàng km.
Đối với các bãi không thấm ( là bãi có nền đáy là lớp đất sét ngăn thấm và có lớp lót đáy) thì vấn đề ô nhiễm nước ngầm khó có thể xảy ra vì chất bẩn không thấm qua được.