Ngày 7/8/1990, hội đồng Bộ trởng đã ban hành nghị định số 218-HĐBT về việc thành lập ngành thuế nhà nớc, hợp nhất 3 hệ thống tổ chức: Thu quốc danh, thuế công thơng nghiệp, thuế nông nghiệp. Ngành Thuế nhà nớc đợc tổ chức qua 3 cấp từ tổng cục thuế, cục thuế đến chi cục thuế, đợc xác định rõ quyền hạn, trách nhiệm và sự phân công cụ thể hợp lý giữa cơ quan thuế ngành dọc cấp trên và chính quyền từng cấp trong tổ chức lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện nghiêm chỉnh chính sách chế độ thuế chung cả nớc và trên địa bàn lãnh thổ theo nguyên tắc song hành lãnh đạo.
Sau một thời gian hoạt động, do nhận thấy những hạn chế trong hệ thống thuế nhà nớc và để phù hợp với tình hình mới, Thủ tớng chính phủ đã ký Quyết định số 218/2003/QĐ-TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ
chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ tài chính ngày 28/10/2003. Đồng thời, Bộ tài chính và Tổng cục thuế đã ban hành các văn bản hớng dẫn QĐ 218/2003 và cơ bản hoàn thành việc triển khai tổ chức theo QĐ 218/2003/QĐ-Tg.
Theo quyết định số 218/2003/QĐ-TTg, bộ máy ngành thuế đợc tổ chức lại theo nguyên tắc:
+ Xác định đầy đủ nhiệm vụ quản lý thuế.
+ Tăng cờng quyền hạn và chức năng quản lý của cơ quan thuế
+ Tổ chức bộ máy hợp lý theo hớng cải cách hành chính và hiện đại hóa công tác quản lý thuế.
Hình 2.1 Cơ cấu tổ chức của ngành thuế
Tổng cục thuế
- Chức năng: Tổng cục Thuế là tổ chức trực thuộc Bộ Tài chính, thực hiện chức năng quản lý nhà nớc đối với các khoản thu nội địa, bao gồm thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác của ngân sách nhà nớc (sau đây gọi chung là Thuế) theo quy định của Pháp luật
- Nhiệm vụ cơ bản:
+Trình Bộ trởng Bộ Tài chính các văn bản quy phạm pháp luật quy định về quản lý thu thuế và đề xuất ý kiến để xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật về thuế.
Bộ tài chính
Tổng cục thuế
Chi Cục thuế Cục Thuế
Gồm 13 ban, 3 trung tâm và văn phòng Tổng Cục Thuế Gồm 12 phòng chức năng với cục thuế: Hà nội và TPHCM Gồm 18 phòng chức năng với các cục thuế khác Gồm các tổ đội
+ Tổ chức thực hiện các luật, pháp lệnh thuế
+ Hớng dẫn nghiệp vụ về thuế, tuyên truyền, giáo dục, vận động tổ chức và cá nhân thực hiện nghiêm chỉnh nghĩa vụ nộp thuế theo đúng quy định của Pháp luật.
+ Thanh tra, kiểm soát các công việc trong quá trình thu thuế và quyết định xử phạt, lập hồ sơ đề nghị khởi tố các tổ chức và cá nhân vi phạm pháp luật.
+ Quản lý hồ sơ, tài liệu, ấn chỉ thuế, lu giữ và sử dụng số liệu, tài liệu mà cơ sở kinh doanh và đối tợng khác cung cấp theo chế độ quy định;
+ Tổ chức đào tạo, bồi dỡng cán bộ, công chức thuế theo quy định của Pháp luật.
- Cơ cấu tổ chức
Tổng cục Thuế đợc tổ chức theo nguyên tắc tập trung, thống nhất thành hệ thống dọc từ trung ơng đến địa phơng, theo đơn vị hành chính.
Tổng cục thuế có t cách pháp nhân, đợc sử dụng con dấu hình quốc huy. Cục thuế tỉnh, Chi cục thuế huyện có t cách pháp nhân, có con dấu riêng.Cục thuế trực thuộc tổng cục thuế
Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ơng (sau đây gọi tắt là cục thuế) là tổ chức trực thuộc Tổng cục Thuế, có chức năng tổ chức thực hiện thu thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác của ngân sách Nhà nớc trên địa bàn quản lý theo quy định của pháp luật.
Cục thuế có nhiệm vụ cơ bản là chỉ đạo, hớng dẫn và triển khai thực hiện thống nhất các văn bản quy phạm pháp luật về thuế, quy trình nghiệp vụ quản lý thuế trên địa bàn, phối hợp chặt chẽ với các ngành, cơ quan đơn vị liên quan để thực hiện nhiệm vụ đợc giao.
Chi cục thuế trực thuộc cục thuế
Chi cục thuế đặt tại các quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc trung ơng là đơn vị trực thuộc cục thuế, có chức năng quản lý thu thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác của ngân sách nhà nớc trên địa bàn theo đúng quy định của pháp luật.
Chi cục thuế tổ chức triển khai thực hiện thống nhất các văn bản quy phạm pháp luật và thực hiện công tác tuyên truyền về thuế.ngoài ra chi cục thuế còn có nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra kiểm soát việc kê khai thuế, hoàn thuế, miễn giảm thuế, nộp thuế, quyết toán thuế và chấp hành chính sách…