Bên cạnh những điểm mạnh cơ bản, góp phần quan trọng nâng cao năng lực cạnh tranh hàng thủy sản xuất khẩu Việt Nam trên thị trường thế giới nói chung, thị trường Mỹ nói riêng thì hàng thủy sản nước ta hiện nay còn tồn tại nhiều điểm yếu sau:
Thứ nhất, nuôi trồng thủy sản chưa theo quy hoạch cụ thể, dẫn đến tình trạng khi
thấy giá bán cao các hộ nông dân, ngư dân đua nhau đầu tư nuôi trồng, khai thác tràn lan làm ảnh hưởng xấu đến môi trường, suy kiệt nguồn lợi thủy sản tự nhiên và dẫn đến tình trạng bị ép giá làm giảm hiệu quả xuất khẩu. Giống và thủy lợi trong nuôi trồng thủy sản chưa được chú trọng phát triển đúng mức. Các sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam chủ yếu là nuôi quảng canh và bán thâm canh, người nuôi phải sử dụng hóa chất và thuốc phòng trừ dịch bệnh, trong khi Việt Nam chưa có chất thay thế các loại kháng sinh cấm nên ảnh hưởng đến việc đảm bảo chất lượng cho sản phẩm xuất khẩu.
Giá tôm giống, thức ăn nuôi tôm, cá và giá các loại thuốc, hóa chất cho nuôi thủy sản cao và phụ thuộc nhiều vào nhập khẩu trong khi các loại vật tư này thường chiếm đến 70 % giá thành tôm, cá nuôi nên đã làm tăng giá thành nguyên liệu, khiến cho tỷ trọng giá nguyên liệu tăng lên và chiếm đến 90% giá thành sản phẩm. Giá nguyên liệu cao hơn các nước khác đã làm giảm khả năng cạnh tranh của sản phẩm thủy sản Việt Nam đặc biệt khi thị trường thủy sản thế giới có nhiều biến động theo xu hướng giá xuất khẩu giảm [12, tr. 12].
Thứ hai, việc đầu tư cho khai thác thủy sản còn dàn trải, thiếu đồng bộ dẫn đến
tình trạng sản lượng khai thác thủy sản thấp và giá thành một số sản phẩm cao so với các nước trong khu vực. Trong những năm qua, Nhà nước đã có chương trình phát triển các đội tàu đánh bắt xa bờ nhằm nâng cao năng lực khai thác của ngành thủy sản. Tuy nhiên, khi triển khai đã có nhiều thiếu sót trong việc lựa chọn, thẩm định và xét duyệt dự án dẫn đến chương trình không đạt được mục tiêu đề ra, vốn vay của Nhà nước khó có khả năng
thu hồi. Ngoài ra cùng với mật độ tàu thuyền khai thác tăng là hiện tượng khai thác bằng các ngư cụ không được phép sử dụng, gây tác động xấu tới nguồn lợi thủy sản.
Việc đầu tư thiết bị, công nghệ và ứng dụng khoa học - công nghệ mới trong các khâu sản xuất, chế biến hàng thủy sản còn nhiều hạn chế, khả năng cạnh tranh về mặt chất lượng sản phẩm chưa cao. Công nghệ bảo quản hàng thủy sản sau thu hoạch còn lạc hậu, công tác quản lý vệ sinh an toàn thực phẩm chưa được thực hiện tốt ở khâu sản xuất nguyên liệu và sau thu hoạch. Phần lớn các tàu thuyền đánh cá đều dùng nước đá xay nhỏ để bảo quản sản phẩm, chưa có hệ thống thiết bị bảo quản hiện đại trên tàu nên chất lượng sản phẩm không cao.
Thứ ba, chiến lược tăng tốc phát triển ngành thủy sản để sánh ngang với các
nước trong khu vực thời gian qua tuy đã chú ý phát triển theo chiều sâu, nhưng chưa đồng đều ở các địa phương. Việc đầu tư chiều sâu tập trung nhiều ở khâu chế biến, nhưng đến nay cũng mới có khoảng 75% cơ sở chế biến thủy sản áp dụng hệ thống quản lý chất lượng tiên tiến, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm và chất lượng sản phẩm xuất khẩu. Còn lại 25% số lượng nhà máy chế biến có quy mô nhỏ, đang trong tình trạng máy móc, thiết bị đã cũ và lạc hậu, công nghệ đơn điệu, chủ yếu là sơ chế; không đáp ứng được yêu cầu về an toàn vệ sinh thực phẩm. Việc phát triển và cung ứng nguyên liệu cho chế biến xuất khẩu chưa đảm bảo bền vững. Một số chủng loại sản phẩm được xác định là mặt hàng xuất khẩu chủ lực như cá rô phi đơn tính, cá nuôi biển, cua ghẹ… chậm được triển khai nuôi diện rộng, làm ảnh hưởng đến sản lượng nguyên liệu chế biến cho xuất khẩu.
Việc liên kết giữa các doanh nghiệp chế biến xuất khẩu với những người sản xuất nguyên liệu, dịch vụ hậu cần thiếu bền vững dẫn đến tình trạng sản xuất nguyên liệu chưa ăn khớp với khả năng chế biến và chưa đáp ứng yêu cầu về an toàn thực phẩm của thị trường.
Dịch vụ kiểm nghiệm và giám định chất lượng hàng thủy sản xuất khẩu nước ta còn hạn chế. Trình độ giám định của các tổ chức được giao nhiệm vụ giám định thấp, trang thiết bị phục vụ công tác kiểm định hàng xuất khẩu chủ yếu theo phương pháp thủ công, lạc hậu; hệ thống tổ chức và cán bộ làm công tác quản lý VSATTP còn thiếu và chỉ tập trung ở các cơ quan tỉnh; hệ thống thông tin về quản lý chất lượng chưa kịp thời.
Những yếu tố trên đã làm cho chất lượng của hàng thủy sản Việt Nam xuất khẩu bị hạn chế nên nhiều lô hàng xuất khẩu chưa đáp ứng được yêu cầu về vệ sinh an toàn của thị trường Mỹ nên bị trả lại, gây thiệt hại cho doanh nghiệp và ảnh hưởng đến uy tín hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam
Thứ tư, nhu cầu nhập khẩu hàng thủy sản của Mỹ là rất lớn nhưng hàng thủy sản
Việt Nam chưa có thị phần đáng kể tại thị trường này do chủng loại hàng hóa xuất khẩu còn nghèo nàn. Các mặt hàng thủy sản chủ yếu xuất khẩu sang Mỹ mới gồm tôm, cá đông lạnh sơ chế. Hàng thủy sản xuất khẩu của nước ta chưa xây dựng chiến lược phát triển thị trường dài hạn cho các sản phẩm chủ lực cũng như chưa xây dựng thương hiệu hàng hóa mạnh cho sản phẩm xuất khẩu. Việc tiêu thụ các sản phẩm thủy sản chủ yếu phụ thuộc vào các nhà nhập khẩu và phân phối của Mỹ, vì vậy sản phẩm thủy sản Việt Nam chưa có lợi thế cạnh tranh về phân phối và bán hàng.
Các doanh nghiệp XKTS của Việt Nam thường có quy mô sản xuất nhỏ do vậy gặp khó khăn trong việc đáp ứng các đơn đặt hàng lớn hay các yêu cầu thời gian giao hàng nhanh của các doanh nghiệp Mỹ. Hơn nữa, các doanh nghiệp thường thiếu kinh nghiệm trong cạnh tranh quốc tế, nên bị động và lúng túng khi có tranh chấp thương mại xảy ra.
Công tác xúc tiến thương mại tuy đã được quan tâm nhưng hiện nay mới ở trình độ thấp, chưa có chiến lược thích hợp xúc tiến bán hàng tại thị trường Mỹ. Công tác tìm hiểu, nghiên cứu thị trường mới chỉ ở bước sơ khai, do chưa có kinh nghiệm và kinh phí hạn hẹp. Năng lực tiếp thị hàng hóa xuất khẩu của các doanh nghiệp không cao, giá cả một số chủng loại hàng kém cạnh tranh. Chưa coi trọng đúng mức vai trò của bộ phận Việt kiều tại Mỹ trong việc quảng bá sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam. Hình thức giới thiệu sản phẩm, chào hàng còn đơn điệu, chưa sử dụng nhiều những phương thức giao dịch tiên tiến như thương mại điện tử để quảng bá sản phẩm của mình