Bên cạnh những ưu điểm đạt được trong thực trạng hạch toán kế toán tại Công ty vẫn còn tồn tại những hạn chế mà Công ty cần phải xem xét và hoàn thiện nhằm nâng cao hiệu quả công tác kế toán trong quá trình quản lý kinh doanh của mình.
Công tác tổ chức chứng từ chưa thực sự đồng bộ. Hệ thống chứng từ kế toán sử dụng chưa thống nhất, đặc biệt có sự không thống nhất trong việc sử dụng mẫu hóa đơn, chứng từ ở các chế độ kế toán khác nhau. Thậm chí có hiện tượng ngưng đọng chứng từ vì chưa có đủ các chữ ký liên quan để chuyển sang khâu tiếp theo. Do yêu cầu thanh toán vói khách hàng diễn ra thường xuyên và Công ty phải đảm bảo thuận tiện cho khách hàng đến giao dịch, nên vẫn xuất hiện những chứng từ chưa có đầy đủ các chữ ký.
Công tác quản lý hạch toán chi phí sản xuất và tính giá thành sản phẩm chủ yếu do kế toán tài chính đảm nhận, chưa phản ánh được rõ ràng mối quan hệ chi phí- khối lượng- lợi nhuận, cũng như chưa phân tích cụ thể, chi tiết chi phí theo biến phí, định phí cũng như khoản mục và yếu tố chi phí. Do đó, sự đóng góp của công tác kế toán vào các mục tiêu quản lý chung của Công ty chưa hoàn toàn tương xứng với nhiệm vụ và trình độ của bộ máy kế toán.
Bên cạnh các báo cáo tài chính định kỳ mà phòng kế toán phải lập thì phòng kế toán cũng phải lập thêm các báo cáo quản trị như: Báo cáo kết quả kinh doanh dạng lãi trên biến phí, báo cáo sản xuất của các xí nghiệp. Bên cạnh đó thì việc phân tích chi phí- giá thành, phân tích mối quan hệ giữa chi phí- khối lượng- lợi nhuận để xác định giá dự thầu, định giá giao khoán. Dự toán chi phí có ý nghĩa rất quan trọng trong việc kiểm soát chi phí, phân tích và cung cấp các số liệu cho nhà quản trị .