Cùng với những ưu điểm mà công ty đã đạt được trong tổ chức bộ máy kế toán và công tác kế toán hàng nhập khẩu thì vẫn còn một số tồn tại đòi hỏi cần phải được quan tâm, xem xét nhằm không ngừng hoàn thiện công tác kế toán hàng nhập khẩu. Cụ thể là:
+ Thứ nhất: Trong hạch toán nghiệp vụ nhập khẩu trực tiếp, theo chế độ kế toán hiện hành, khi hàng nhập khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, nhưng cuối tháng hàng chưa về tới kho của đơn vị thì ghi Nợ TK 151, nếu đã nhập kho trong kỳ thì ghi Nợ TK 1561. Như vậy bên nợ của tài khoản 151 chỉ được ghi khi cuối tháng, hàng chưa về nhập kho nhưng đã làm xong thủ tục hải quan để xác định quyền sở hữu của doanh nghiệp đối với hàng nhập khẩu. Còn TK 1561 chỉ ghi bên Nợ khi hàng đã kiểm nhận nhập kho, thủ kho đã lập Phiếu nhập.
Thực tế tại công ty AMECO khi chuyển tiền mua hàng, kế toán đã phản ánh ngay vào bên Nợ TK 151, khi hàng về, làm xong thủ tục hải quan rồi mới chuyển sang TK 1561. Cách hạch toán này là không đúng, kế toán đã phản ánh sai nội dung kinh tế của nghiệp vụ. Việc chuyển tiền mua hàng xảy ra trước khi nhận được hàng, do đó đây là nghiệp vụ ứng trước tiền cho người bán chứ không phải là nghiệp vụ mua hàng trả tiền ngay. Ngoài ra khi chuyển tiền mua hàng, kế toán căn cứ vào sổ phụ của ngân hàng để ghi Nợ TK 151. Việc sử dụng chứng từ này là sai qui định vì căn cứ để ghi Nợ TK 151 là tờ khai hải quan và bộ chứng từ của bên bán gửi.
+ Thứ hai: Khi hạch toán các nghiệp vụ liên quan đến ngoại tệ, kế toán đã không sử dụng TK 007 để theo dõi nguyên tệ các loại, mà chỉ phản ánh ở cột nguyên tệ trên TK 1122 mặc dù nghiệp vụ nhập khẩu sử dụng rất nhiều loại ngoại tệ. Việc này làm giảm khả năng đối chiếu, rà soát tình hình tăng, giảm từng loại ngoại tệ hiện doanh nghiệp đang sử dụng.
+ Thứ ba: Về tỷ giá trong nghiệp vụ nhập khẩu hàng hoá: Công ty sử dụng tỷ giá thực tế. Tỷ giá này phản ánh được đúng giá trị của hàng hoá, các khoản phải thu, các khoản phải trả... nhưng cũng tương đối phức tạp đối với một doanh nghiệp có nhiều nghiệp vụ phát sinh liên quan đến ngoại tệ.
Theo qui định của Bộ Tài Chính, nếu sử dụng tỷ giá thực tế thì mọi nghiệp vụ liên quan đến ngoại tệ đều ghi sổ theo tỷ giá thực tế bình quân liên ngân hàng công bố tại thời điểm phát sinh. Đối với nghiệp vụ nhập khẩu trực tiếp, giá trị hàng được tính theo tỷ giá thực tế khi hàng làm xong thủ tục hải quan.
Tại công ty AMECO, nếu mua hàng không theo phương thức trả trước, bán hàng không có khoản ứng trước của khách thì kế toán phản ánh đúng theo chế độ. Ngoài các trường hợp đó, kế toán qui đổi giá trị hàng hoá nhập khẩu theo tỷ giá thực tế ngân hàng ngoại thương công bố tại thời điểm công ty mua ngoại tệ chuyển tiền trả trước cho người bán hoặc mua ngoại tệ ký quĩ mở L/ C (ký 100% giá trị L/C). Mục đích của việc sử dụng tỷ giá như vậy nhằm hạn chế tối đa việc điều chỉnh chênh lệch tỷ giá song lại không phản ánh đúng giá trị thực của doanh thu và giá vốn, làm ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh.
+ Thứ tư: Kế toán công ty không sử dụng tài khoản nào để theo dõi hàng nhập khẩu uỷ thác trong trường hợp công ty tổ chức tiếp nhận hàng tại cửa khẩu, đưa về nhập kho rồi vận chuyển đến cho khách hàng. Toàn bộ giá trị hàng nhập khẩu uỷ thác đều được phản ánh vào TK 3388 khi hàng về, làm xong thủ tục hải quan. Cách hạch toán này tuy đơn giản, giảm được một số tài khoản trung gian song không rõ ràng, dễ nhầm lẫn. Ngoài ra việc ghi nhận giá trị hàng uỷ thác nhập khẩu chỉ ghi bên Nợ TK 3388 khi bên giao uỷ thác đến tận cửa khẩu để nhận hàng. Với cách hạch toán trên, kế toán đã bỏ sót nghiệp vụ.
+ Thứ năm: Mọi khoản chi phí liên quan đến quá trình mua hàng nhập khẩu như chi phí bốc dỡ hàng, phí hải quan, phí vận chuyển đến kho của công ty, phí giao dịch với ngân hàng liên quan đến việc nhập khẩu như phí mở L/C, phí chuyển tiền... không được hạch toán vào TK 1562 mà tập hợp hết vào TK 641, TK 642. Điều đó làm cho việc phản ánh giá vốn của công ty không chính xác.
Cuối kỳ, toàn bộ chi phí phát sinh trong kỳ được kết chuyển hết sang TK 911 mà không phân bổ cho hàng chưa tiêu thụ cuối kỳ. Chính vì vậy chi phí trong kỳ sẽ tăng lên, không tương xứng với doanh thu bán hàng, gây ra sự thiếu chính xác trong việc xác địng kết quả kinh doanh từng mặt hàng cũng như từng hợp đồng, và khó khăn trong việc đánh giá hiệu quả hoạt động, lập kế hoạch, chiến lược kinh doanh của công ty.
+ Thứ sáu: Về hạch toán dự phòng giảm giá hàng tồn kho và nợ phải thu khó đòi: hiện nay công ty chưa áp dụng phương pháp dự phòng giảm giá tài sản, mà đây là phương pháp thể hiện nguyên tắc thận trọng trong kinh doanh. Dự phòng giảm giá tài sản nếu được lập hợp lí sẽ làm tăng chi phí, do vậy tạm thời làm giảm thu nhập ròng của niên độ báo cáo – niên độ lập dự phòng. Tuy nhiên điều đó lại hết sức cần thiết nhất là trong điều kiện giá cả hàng hoá trên thị trường luôn biến động do nhiều yếu tố khách quan và chủ quan, đặc biệt
với các loại thiết bị hiện đại. Quá trình lưu chuyển dài sẽ làm giảm giá trị hàng hoá do hao mòn vô hình.
Đối với người mua, việc lập dự phòng phải thu khó đòi cũng là yêu cầu cần xem xét vì các hợp đồng công ty ký với khách hàng thường có giá trị lớn, hình thức thanh toán chậm cũng nhiều.
Việc lập dự phòng đối với hàng hoá và khách hàng giúp cho công ty có sự chuẩn bị trước những tổn thất có khả năng xảy ra và nếu không gặp các rủi ro đó, công ty sẽ có lợi hơn.
+ Thứ bảy: Khi hạch toán thuế nhập khẩu và thuế GTGT của hàng nhập khẩu, kế toán căn cứ vào tờ khai hải quan để ghi sổ. Để đơn giản và thuận tiện cho việc ghi chép, kế toán thường phản ánh bút toán nộp thuế trước. Đến cuối kỳ, kế toán tổng hợp lại và ghi một lần bút toán thuế. Cách ghi này mặc dù giảm được số lần ghi chép trùng lắp song lại nảy sinh những vấn đề như: khi xác định giá hàng nhập bao gồm giá mua + thuế nhập khẩu - giảm giá hàng mua (nếu có). Nếu cuối kỳ mới ghi bút toán tính thuế nhập khẩu thì giá hàng nhập trong kỳ không có thuế. Vì vậy, khi xuất hàng, việc tính giá vốn lại trở nên phức tạp, khó đối chiếu với hạch toán chi tiết.
+ Thứ tám: Việc xác định kết quả kinh doanh được tiến hành vào cuối năm đã không đảm bảo tính điều chỉnh tích cực của công ty. Nếu doanh nghiệp xác định kết quả kinh doanh theo quí thì kết qủa quí trước sẽ đảm bảo cho công ty biết phải làm gì ở quí sau để từ đó khắc phục kịp thời những tồn đọng đã xảy ra.
+ Thứ chín: Về nhân sự trong bộ máy kế toán, hiện tại ngoài kế toán trưởng, bộ máy kế toán của AMECO chỉ có hai kế toán viên. Thực tế cho thấy, trong điều kiện nền kinh tế còn nghèo nàn, yếu kém về kỹ thuật, công nghệ thì việc nhập khẩu máy móc thiết bị hiện đại phục vụ sản xuất và các thiết bị phục vụ nghiên cứu khoa học là hoạt động cần thiết. AMECO hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu trong lĩnh vực Khoa học Kỹ thuật và Chuyển giao Công nghệ nên chắc chắn các giao dịch, số hợp đồng thực hiện thông qua AMECO trong những năm tới sẽ tăng lên và như vậy khối lượng công việc mà kế toán phải thực hiện cũng lớn lên. Như vậy với hai kế toán viên như hiện nay sẽ rất khó khăn để hoàn thành khối lượng công việc.
Trên đây là tình hình chung về tổ chức quản lý hoạt động nhập khẩu và công tác hạch toán nghiệp vụ nhập khẩu tại công ty Tự động hoá- Cơ khí- Môi trường có cả những mặt ưu cũng như mặt khuyết. Với mong muốn công ty ngày càng phát triển và bộ máy kế toán hoạt động hiệu quả hơn, vừa đáp ứng yêu cầu của quản lý, vừa tuân thủ theo đúng chế độ.