BVSC thực hiện việc lưu giữ và bảo quản tập trung chứng khoán cho khách hàng, từ đây BVSC trở thành đầu mối trung gian nối liền giữa doanh nghiệp phát hành và các cổ đông để thực hiện các quyền liên quan đến cổ phiếu, trung gian chuyển nhượng quyền sở hữu cổ phần. Từ hoạt động lưu ký, BVSC đã mở ra dịch vụ quản lý sổ cổ đông, tổ chức thực hiện quyền và đại lý chuyển nhượng theo sự ủy quyền của tổ chức phát hành, đóng vai trò trung gian là đại diện quyền lợi cho người sở hữu trái phiếu, đảm bảo an toàn trong dịch vụ chuyển nhượng quyền sở hữu chứng khoán cho những người đầu tư.
Năm 2005 BVSC đã thực hiện tốt các dịch vụ lưu ký cho khách hàng; bên cạnh việc thực hiện các quyền về nhận cổ tức bằng tiền mặt, nhận gốc và lãi trái phiếu, lập danh sách dự họp Đại hội đồng cổ đông, BVSC đã hỗ trợ tích cực cho cổ đông của một số công ty niêm yết như DHA, PNC, TMS, NKD... thực hiện quyền nhận cổ tức bằng cổ phiếu và quyền mua chứng khoán phát hành thêm. BVSC luôn thực hiện chính xác các hoạt động thanh toán bù trừ, đảm bảo khả năng thanh toán nên không phải sử dụng đến Quỹ hỗ trợ thanh toán. Ngoài ra, BVSC tiếp tục nhận lưu ký chứng khoán chưa niêm yết cho các tổ chức đầu tư lớn như các công ty bảo hiểm và các quỹ đầu tư; dịch vụ quản lý sổ cổ đông cho các tổ chức chưa niêm yết được mở rộng không chỉ với các công ty cổ phần hóa trong nước như Bảo Long, Công ty Dịch vụ Ôtô Hàng Xanh, Nhựa Bình Minh... mà còn thực hiện với các doanh nghiệp FDI cổ phần hóa như TAYA Việt Nam, Chang Yih ...
Trong năm 2006, Trung tâm lưu ký chứng khoán chính thức hoạt động, hoạt động lưu ký và thanh toán bù trừ tiến hành độc lập với hai Trung tâm giao dịch đã tạo điều kiện cho BVSC thực hiện tốt và tiếp cận với các thông lệ quốc tế về lưu ký chứng khoán.