- Cơ chế, chớnh sỏch và chế độ đói ngộ cho Kiểm toỏn viờn (bồi dưỡng và dưỡng
liờm...)tuy đó được cải thiện một bước, song Nhà nước chưa cú chế độ chớnh sỏch đói ngộ
theo tớnh chất hoạt động đặc thự (như phụ cấp thõm niờn, phụ cấp lưu động và một số loại phụ cấp khỏc) và thu nhập so với mặt bằng hiện nay vẫn cũn thấp, đặc biệt là đối với đội ngũ Kiểm toỏn viờn làm việc trong điều kiện đi cụng tỏc xa, dài ngày trờn cỏc địa bàn trong phạm vi cả nước. Do vậy, khú thu hỳt và giữ được cỏn bộ giỏi; cú nguy cơ mất cỏn bộ cú trỡnh độ chuyờn mụn cao, chảy mỏu chất xỏm về cỏc đơn vị cú chế độ đói ngộ cao, nhất là cỏc doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ về tài chớnh, chứng khoỏn và doanh nghiệp kiểm toỏn.
- Cơ cấu tổ chức của Kiểm toỏn Nhà nước hiện tại chưa hoàn chỉnh, chưa tương xứng với chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Kiểm toỏn Nhà nước. Chất lượng đội ngũ, số lượng và cơ cấu cỏn bộ, cụng chức, kiểm toỏn viờn vừa thiếu, vừa chưa hợp lý.
+ Số lượng cỏc đơn vị Kiểm toỏn Nhà nước khu vực, Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành cũn ớt so với nhu cầu kiểm toỏn ngõn sỏch địa phương và ngõn sỏch trung ương; cú đơn vị cũn đảm nhận quỏ nhiều chức năng như Vụ Phỏp chế (vừa thực hiện cụng tỏc phỏp chế, vừa thực hiện cụng tỏc thanh tra và cụng tỏc thẩm định kiểm toỏn); Văn phũng vừa đảm nhận chức năng là đơn vị dự toỏn cấp I vừa là đơn vị dự toỏn cấp III; cỏc đơn vị tham mưu trước đõy khụng cú cấp phũng nờn rất khú khăn cho hoạt động.
+ Đội ngũ Kiểm toỏn viờn tuy đó phỏt triển cả về số lượng và chất lượng nhưng quy mụ và chất lượng đội ngũ kiểm toỏn viờn vẫn chưa đỏp ứng được chức năng, nhiệm vụ theo yờu cầu của cụng cuộc đổi mới và phỏt triển đất nước hiện nay, đặc biệt là yờu cầu hội nhập và phỏt triển. Đội ngũ cỏn bộ chủ chốt và cỏn bộ cú trỡnh độ chuyờn mụn cao cũn mỏng; số cỏn bộ mới được tuyển dụng phải cú thời gian học hỏi, tớch luỹ kinh nghiệm chuyờn mụn kiểm toỏn; cơ cấu kiểm toỏn viờn chưa hợp lý, cũn thiếu so với yờu cầu.
+ Số lượng Kiểm toỏn viờn chưa tương xứng với yờu cầu cụng việc và chức năng, nhiệm vụ được giao và cũn quỏ mỏng so với cỏc nước trong khu vực và trờn thế giới (Việt Nam cú dõn số hơn 80 triệu người, nhưng Kiểm toỏn Nhà nước chỉ cú hơn 1.000 kiểm toỏn viờn, trong khi Trung Quốc cú: 80.000 kiểm toỏn viờn, Ấn độ: 65.000, Malaixia: 3.500, Thỏi Lan: 2.300...).
+ Chất lượng Kiểm toỏn viờn cũn khỏ nhiều hạn chế mặc dự hầu hết cú kinh nghiệm thực tiễn, nhưng chưa được đào tạo một cỏch cơ bản và đầy đủ về nhiệm vụ kiểm toỏn và cỏc kiến thức cần thiết của nền kinh tế thị trường, cũng như trỡnh độ phõn tớch tổng hợp, ngoại ngữ, tin học; kiến thức về quản lý nhà nước và thủ tục hành chớnh cũn yếu...
Việc giải quyết mối quan hệ trong quỏ trỡnh phỏt triển giữa mở rộng quy mụ, nõng cao chất lượng kiểm toỏn và yờu cầu giữ gỡn đạo đức, phẩm chất cỏn bộ, kiểm toỏn viờn luụn là một thỏch thức lớn đối với Kiểm toỏn Nhà nước hiện nay.
- Phương phỏp chuyờn mụn, nghiệp vụ, kiểm tra, kiểm soỏtvà xõy dựng chuẩn mực
kiểm toỏn, cỏc quy trỡnh nghiệp vụ đó được Kiểm toỏn Nhà nước chỳ trọng và ngày càng hoàn thiện, cú bước phỏt triển nhanh so với cỏc cơ quan Kiểm toỏn Nhà nước khỏc trờn thế giới và khu vực, tuy nhiờn vẫn chưa đỏp ứng được yờu cầu. Hệ thống chuẩn mực Kiểm toỏn Nhà nước, cỏc quy trỡnh kiểm toỏn, cỏc biện phỏp giỏm sỏt chất lượng kiểm toỏn chưa hoàn chỉnh, đồng bộ với cỏc loại hỡnh kiểm toỏn và cỏc lĩnh vực kiểm toỏn, cỏc phương phỏp kiểm toỏn cũn đơn giản; việc sử dụng mỏy múc thiết bị hỗ trợ cụng tỏc chuyờn mụn kiểm toỏn nhất là đối với kiểm toỏn cỏc dự ỏn đầu tư cũn hạn chế, chưa triển khai được kiểm toỏn trong mụi trường cụng nghệ thụng tin và đẩy mạnh ứng dụng cụng nghệ thụng tin trong hoạt động kiểm toỏn, hầu hết cỏc đoàn kiểm toỏn đều chủ yếu là kiểm toỏn tại trụ sở của đối tượng kiểm toỏn nờn việc bố trớ nhõn sự phức tạp, tốn kộm cả sức người và tiền của Nhà nước, việc kiểm toỏn tại trụ sở Kiểm toỏn Nhà nước chưa nhiều.
Trờn cơ sở khảo sỏt, nghiờn cứu kinh nghiệm của nhiều nước trờn thế giới về hệ thống chuẩn mực kiểm toỏn, Tổng Kiểm toỏn Nhà nước đó ban hành 14 chuẩn mực kiểm toỏn nhà nước theo Quyết định số 06/1999/QĐ- KTNN ngày 24/12/1999 và cỏc quy trỡnh kiểm toỏn cho từng lĩnh vực ngõn sỏch nhà nước, đầu tư - dự ỏn, doanh nghiệp nhà nước. Hệ thống chuẩn mực kiểm toỏn của Kiểm toỏn Nhà nước đó được xõy dựng phự hợp với cỏc chỉ dẫn nghiệp vụ kiểm toỏn của INTOSAI, phự hợp với quan điểm chung của Kiểm toỏn Nhà nước cỏc nước trờn thế giới và điều kiện thực tiễn của Việt Nam; bước đầu đó đỏp ứng yờu cầu đào tạo, bồi dưỡng cỏn bộ, kiểm toỏn viờn, thực hành kiểm toỏn một cỏch cú bài bản để đảm bảo chất lượng kiểm toỏn và quản lý đạo đức nghề nghiệp đối với Kiểm toỏn viờn nhà nước.
Nhà nước đó bộc lộ nhiều hạn chế, bất cập:
Một là, hệ thống chuẩn mực kiểm toỏn của Kiểm toỏn Nhà nước mới chỉ điều chỉnh loại hỡnh kiểm toỏn bỏo cỏo tài chớnh và kiểm toỏn tuõn thủ, chưa cú cỏc chuẩn mực hoặc hướng dẫn chuẩn mực kiểm toỏn hoạt động.
Hai là, cỏc chuẩn mực kiểm toỏn chưa được xõy dựng và ban hành đầy đủ; nội dung cỏc chuẩn mực cũn quy định sơ sài, mang tớnh khỏi quỏt cao, thiếu cụ thể nờn rất hạn chế trong đào tạo, bồi dưỡng cỏn bộ, kiểm toỏn viờn; thực hành kiểm toỏn cũng như kiểm tra chất lượng cụng tỏc kiểm toỏn
Ba là, hệ thống chuẩn mực Kiểm toỏn Nhà nước Việt Nam năm 1999 được xõy dựng trờn cơ sở tham khảo nội dung chuẩn mực kiểm toỏn của INTOSAI, đến nay đó cú nhiều sửa đổi, bổ sung nờn nhiều nội dung đó lạc hậu hoặc chưa được cập nhật sửa đổi cho phự hợp.
- Sự phối hợp cụng tỏc giữa cỏc cơ quan thanh tra, kiểm tra, kiểm toỏn cũn hạn chế, bất cập nờn vẫn cũn chồng chộo, trựng lắp hoặc bỏ sút đối tượng cần thanh tra, kiểm tra. Sự phối hợp xử lý cỏc vụ việc cú dấu hiệu vi phạm do Kiểm toỏn Nhà nước chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra cũn thiếu chặt chẽ; chưa cú quy định về trỏch nhiệm của cơ quan điều tra trong việc thụng bỏo cho cỏc cơ quan chức năng và Kiểm toỏn Nhà nước kết quả điều tra, xử lý vụ việc. Một số vụ việc cơ quan điều tra đó khởi tố vụ ỏn, khởi tố bị can nhưng Kiểm toỏn Nhà nước khụng được thụng bỏo hoặc chỉ biết được qua thụng tin trờn kờnh bỏo chớ; điển hỡnh là vụ Tổng cụng ty xõy dựng Sài Gũn năm 2001 và Cụng ty tư vấn xõy dựng cụng trỡnh thuỷ I thuộc Tổng cụng ty xõy dựng đường thuỷ năm 2007. Việc cung cấp kết quả, bỏo cỏo kết quả kiểm toỏn cho một số cơ quan chức năng cú liờn quan chưa được quy định chớnh thức, cụ thể nờn thực hiện cũn lỳng tỳng, chưa phục vụ tốt, kịp thời cho cụng tỏc lónh đạo và kiểm tra, giỏm sỏt của cỏc cơ quan chức năng.
- Kiểm toỏn Nhà nước là cơ quan mới chưa cú nhiều kinh nghiệm, nhiều việc vừa làm, vừa rỳt kinh nghiệm. Đặc biệt là kinh nghiệm trong cụng tỏc kiểm toỏn hoạt động, vỡ trong 15 năm qua chủ yếu tập trung kiểm toỏn bỏo cỏo tài chớnh và kiểm toỏn tuõn thủ. Đội ngũ cỏn bộ, cụng chức, kiểm toỏn viờn chủ yếu được tuyển dụng từ cỏc ngành, cỏc cấp và thi tuyển từ cỏc sinh viờn mới tốt nghiệp đại học nờn kinh nghiệm về hoạt động kiểm toỏn cũn ở mức độ rất khỏc nhau, người cú kinh nghiệm cao nhất trong ngành hiện nay mới được 15
năm.