Quy trỡnh kiểm toỏn bỏo cỏo quyết toỏn dự ỏn đầu tư XDCB chỉ đi sõu vào kiểm toỏn một cụng trỡnh xõy dựng cơ bản cụ thể, trong đú chủ yếu tập trung vào kiểm toỏn bỏo cỏo quyết toỏn cụng trỡnh hồn thành. Mặt khỏc, quy trỡnh kiểm toỏn NSNN lại chủ yếu tập trung vào kiểm toỏn ở cỏc cơ quan tổng hợp. Tuy cú đề cập tới một số nội dung kiểm toỏn chi đầu tư XDCB, nhưng khụng cú hướng dẫn chi tiết cụ thể, dẫn đến trong quỏ trỡnh thực hiện cũn gặp rất nhiều khú khăn, trở ngại và vướng mắc cần được thỏo gỡ, cụ thể như sau:
a. Cụng tỏc khảo sỏt,lập kế hoạch kiểm toỏn về lĩnh vực đầu tư XDCB:
- Tổ khảo sỏt thường được bố trớ từ 2 đến 3 người trong đú lại chủ yếu đi chuyờn sõu về ngõn sỏch và thu thập tài liệu khảo sỏt được tập trung ở cỏc cơ quan tài chớnh tổng hợp. Nếu cú khảo sỏt lĩnh vực khỏc như: doanh nghiệp, đầu tư xõy dựng thỡ chỉ là động tỏc thống kờ đơn thuần cỏc chỉ tiờu số liệu do cỏc cơ quan tài chớnh tổng hợp cung cấp, để từ đú chọn ra một vài đơn vị cú số quản lý vốn ĐT lớn để kiểm toỏn, chứ chưa tiến hành tỡm hiểu chi tiết, tham khảo cỏc thụng tin của cỏc đơn vị khỏc cũng như chớnh tại đơn vị được chọn kiểm toỏn. Vỡ vậy, đối tượng chọn mẫu nhiều lỳc thiếu tớnh chớnh xỏc, chưa mang tớnh đại diện làm ảnh hưởng đến kết quả kiểm toỏn chung sau này.
- Thời gian bố trớ khảo sỏt quỏ ngắn từ 3 đến 4 ngày thực tế làm việc tại đơn vị, nờn khụng đủ thời gian để đi sõu tỡm hiểu, thu thập thờm cỏc thụng tin, tài liệu tại cơ sở và phõn tớch đỏnh giỏ tớnh trọng yếu và khả năng rủi ro.. Vỡ vậy kế hoạch kiểm toỏn chủ yếu tập trung ở cỏc chỉ tiờu thu, chi ngõn sỏch, cũn cỏc lĩnh vực khỏc như chi đầu tư XDCB cú được đề cập đến, nhưng chưa sõu và cụ thể, do đú việc phõn tớch và đỏnh giỏ về lĩnh vực này cũn nhiều hạn chế.
- Lập kế hoạch kiểm toỏn, hạn chế lớn nhất ở đõy là mới dừng lại ở khõu kế hoạch chung cho tồn bộ một đồn kiểm toỏn như: xỏc định cụ thể về mục đớch, yờu cầu, nội dung, phạm vi, thời ky,ỡ thời gian, phương phỏp kiểm toỏn và bố trớ nhõn sự, phõn cụng tổ cụng tỏc và chuẩn bị điều kiện vật chất cho việc kiểm toỏn. Nhưng chưa thường xuyờn phổ biến, tớnh trọng yếu và khả
năng rủi ro về kiểm toỏn NSĐP núi chung, về kiểm toỏn chi đầu tư XDCB núi riờng.
b. Cụng tỏc tổ chức thực hiện kiểm toỏn trong lĩnh vực chi đầu tư XDCB:
Cụng tỏc tổ chức thực hiện kiểm toỏn cũn một số điểm chưa phự hợp, ở: