Hiện nay, kiểm toán là một ngành mới trong nền kinh tế nớc ta, song không phải là một ngành hoàn toàn xa lạ với thế giới và một ngành nghề trừu tợng. Tuy nhiên do là ngành mới xuất hiện ở Việt Nam trong hơn một thập kỷ trở lại đây nên hoạt động kiểm toán còn nhiều vấn đề tồn tại.
Trớc hết về trình độ, năng lực quản lý, kinh nghiệm hành nghề của nhân viên trong Công ty còn nhiều hạn chế, cha đủ sức cạnh tranh trên thị trờng, đặc biệt là cạnh tranh với các công ty kiểm toán quốc tế. Cụ thể, trong lĩnh vực kiểm toán báo cáo tài chính cho các tổ chức tín dụng, Công ty mới chỉ ký kết hợp đồng kiểm toán với các ngân hàng thơng mại cổ phần, còn các ngân hàng lớn nh ngân hàng quốc doanh và các ngân hàng 100% vốn nớc ngoài phần lớn lại do các công ty kiểm toán nớc ngoài thực hiện.
Trong kiểm toán doanh thu, Công ty Dịch vụ T vấn Tài chính Kế toán và Kiểm toán AASC đã xây dựng đợc một chơng trình kiểm toán cho từng khách hàng khác nhau và đó cũng là một trong những điểm nổi bật của Công ty.
Trên thực tế cho thấy, tuy có cả một chơng trình kiểm toán riêng cho từng khoản mục trên bảng cân đối kế toán song công việc thực hiện kiểm toán doanh thu vẫn có những tồn tại cần phải khắc phục.
Trình độ năng lực của các kiểm toán viên trong Công ty vẫn còn nhiều hạn chế, đặc biệt là các nhân viên có trình độ kinh nghiệm còn ít, ảnh hởng không nhỏ đến chất lợng của các cuộc kiểm toán và danh tiếng của Công ty.
Trong công tác đào tạo, mặc dù các nhân viên của Công ty đều đợc đào tạo chính quy, song vẫn cha đáp ứng đợc yêu cầu về kiến thức kiểm toán, đòi hỏi phải tiếp tục đợc đào tạo. Thực tế cho thấy việc tổ chức tập huấn, ôn thi kiểm toán viên, việc liên kết phối hợp với các tổ chức, hội nghề nghiệp quốc tế xây dựng các chơng trình đào tạo mở rộng vẫn còn hạn chế cả về số lợng và thời lợng.
Về điều kiện và trang thiết bị làm việc, mỗi phòng nghiệp vụ chỉ đợc trang bị một số lợng hạn chế về máy tính xách tay và thiết bị chuyên môn, so sánh với lợng nhân viên trong Công ty thì số lợng đó là quá nhỏ. Bên cạnh đó, cơ sở vật chất,
phòng ban làm việc của các phòng nghiệp vụ quá chật hẹp ảnh hởng không nhỏ đến môi trờng, hiệu quả làm việc của nhân viên trong Công ty.
Trong tiến trình kiểm toán doanh thu nói riêng và toàn bộ cuộc kiểm toán nói chung còn có những hạn chế nh: cha ứng dụng công nghệ thông tin nhiều trong ch- ơng trình kiểm toán, kiểm toán viên vẫn phải thực hiện nhiều thủ tục thủ công, làm giảm năng suất làm việc của kiểm toán viên.
Ngoài ra, trong hồ sơ kiểm toán vẫn còn hạn chế, nh việc ghi chép giấy tờ làm việc của kiểm toán viên còn cha thống nhất và phụ thuộc vào cách thức làm việc của mỗi nhân viên kiểm toán, nh việc ghi ký hiệu các công việc kiểm toán viên đã thực hiện và đặc biệt là trong cách đánh tham chiếu. Do Công ty chủ yếu tiến hành với các công ty kinh doanh thông thờng và ít thực hiện với các ngân hàng và các Công ty chứng khoán nên cách đánh tham chiếu còn cha thống nhất và cha có sự thống nhất từ trớc giữa các nhóm kiểm toán, do các công ty kinh doanh chứng khoán và các ngân hàng có hệ thống tài khoản nhiều và chi tiết hơn rất nhiều so với các công ty kinh doanh thông thờng. Chính vì vậy gây khó khăn cho công tác kiểm soát chất lợng cuộc kiểm toán và mất nhiều thời gian trong công việc tổng hợp kết quả kiểm toán.
Ngoài ra, trong công tác kiểm toán giữa các chi nhánh cha có sự kết hợp với nhau một cách thực sự nhuần nhuyễn và do các chi nhánh còn nhỏ, trong khi nhu cầu kiểm toán ngày càng lớn, nên ảnh hởng đến công việc kiểm toán giữa ba miền.