- Tốc độ tăng dư nợ và doanh số cho vay còn chậm so với toàn ngành. Số hộ dư nợ còn thấp so với tổng số hộ trên địa bàn huyện. Bình quân dư nợ 1 hộ cho vay chỉ đạt 4,5 triệu đồng 2002 và 5,29 triệu đồng 2004. Bình quân dư nợ cho một cán bộ công nhân viên và cho một cán bộ công nhân viên của NHNo
Thanh Trì ( dư nợ bình quân cho một cán bộ công nhân viên của NHNo Thanh Trì là 2,5 - 2,8 tỷ đồng, của toàn ngành là 4 - 4,5 tỷ đồng giai đoạn 2002 - 2004)
- Cho vay ngắn hạn là chủ yếu, dư nợ trung dài hạn chiếm tỷ trọng quá thấp ( dư nợ trung dài hạn năm 2002 là 6,9%, năm 2004 là 11,35% so với tổng dư nợ kinh tế nội bộ, trong khi đó chỉ tiêu tương ứng của toàn NHNo Việt Nam là 3,8% - 4,5% ).
- Cho vay sản xuất nông nghiệp vẫn chiếm tỷ trọng cao ( chiếm trên dưới 60% dư nợ kinh tế hộ ), cho vay thuỷ sản, tiểu thủ công nghiệp và làng nghề còn thấp chưa tương xứng với tiềm năng của địa phương, nơi có nhiều ao hồ, ruộng trũng để nuôi trồng huỷ sản và có nhiều làng nghề chưa được đầu tư phát triển.
- Chất lượng tín dụng được nâng cao trong 3 năm qua nhưng số nợ xấu vẫn còn phải thu hồi cũng lớn. Đến 31/12/2004 còn 5500 triệu đồng nợ xấu phải tiếp tục thu hồi ( trong đó có 4528 triệu đồng nợ đẫ xử lý rủi ro và 972 triệu đồng nợ quá hạn ).
-Hiện nay về cách tổ chức và quy trình nghiệp vụ cho vay đã được các Ngân hàng chú trọng và luôn luôn được nâng cao. Tuy nhiên, ở nhiều nơi vẫn còn tồn tại một số hạn chế:
+ Chưa xác định rõ về đầu tư phát triển các dịch vụ ở các vùng kinh tế trọng điểm, chưa coi trọng việc huy động vốn các món nhỏ trong nông thôn, hình thức huy động vốn còn chưa linh hoạt, phù hợp.
+ Một số nơi còn chưa phân tích được thị trường tốt xấu, để có một cách tổ chức hợp lý.
+ Tính chủ động, tích cực của địa phương còn hạn chế, các giải pháp còn trông chờ nhiều vào sự chỉ đạo của Trung ương. Hoặc có hiện tượng những chỉ tiêu nào của Trung ương nhắm thấy không thực hiện được thì bỏ lơ, không phản hồi, cụ thể như chỉ tiêu tỷ trọng vốn đầu tư trung và dài hạn cho các chi nhánh ngoại thành, hay chỉ tiêu chênh lệch lãi suất đầu ra, đầu vào đối với các chi nhánh ở đô thị có sự cạnh tranh cao…
+ Công tác điều tra, cập nhật, phổ cập các thông tin kế hoạch thị trường của toàn hệ thống còn hạn chế, chưa thành nề nếp và phát huy hiệu quả.