Năm 2001 là năm thứ 3 đầu t và đổi mới tổ chức của công ty, nên công ty đã gặp không ít các thuận lợi và khó khăn:
* Thuận lợi:
- Đợc sự quan tâm tận tình của ban lãnh đạo, sự đoàn kết gắn bó của cán bộ công nhân viên, và đặc biệt là sự lãnh đạo của Đảng là cơ sở để công ty vơn lên đạt kết quả cao.
- Đạt đợc kết quả tốt trong năm 2000 đã tạo tiền đề để công ty vững tin và phát huy sức mạnh trong những năm tiếp theo.
- Cơ cấu tổ chức dần dần đợc đổi mới và bớc đầu đã có những bài học kinh nghiệm.
* Khó khăn:
- Trong quản lý vốn và sử dụng vốn: Nói chung tình hình quản lý và sử dụng vốn của công ty tơng đối tốt nhng vẫn còn một số vấn đề: nguồn vốn chủ sở hữu không trang trải hết cho nhu cầu về tài sản. Công ty vẫn phải đi vay nợ ngắn hạn và chiếm dụng ở bên ngoài rất nhiều cho thấy nguồn vốn của công ty sử dụng không mấy hiệu quả. Bên cạnh đó nguồn vốn Ngân sách cấp còn ít gây khó khăn trong công tác kinh doanh ban đầu.
- Trong quản lý và sử dụng tài sản: Tài sản lu động của công ty vẫn bị chiếm dụng. Trong vài năm gần đây, công ty Thơng nghiệp Tổng hợp Đông Anh đã chú trọng đến việc mua sắm trang thiết bị, dụng cụ mới đầu t cho tài sản cố định, nhng việc đầu t đó vẫn không đem lại hiệu quả kinh doanh cao. Qua đó ta thấy việc sử dụng tài sản lu động và tài sản cố định của công ty cha đợc tốt.
- Đối với một doanh nghiệp trong cơ chế thị trờng hiện nay, việc vay tín dụng và chiếm tín dụng, điều đó không thể tránh khỏi. Nhng để vay và chiếm dụng mà vẫn thanh toán đúng đủ mới là điều quan trọng. Chính vì vậy công ty phải chú trọng đến vấn đề này và giảm tối đa vốn vay.
- Trong nền kinh tế thị trờng hiện nay, hàng hoá tràn lan với đầy đủ chủng loại, phong phú mẫu mã, hàng nhập lậu, hàng trốn thuế, hàng nhái, hàng giả, hàng kếm chất lợng... mà Nhà nớc không kiểm soát hết. Là một công ty chủ yếu kinh doanh các mặt hàng phục vụ nhân dân thì điều đó đã gây cho công ty không ít khó khăn.