liên kết:
Vẽ ethan (C2H6) bằng cách dùng công cụ liên
kết:
¾ Click chọn công cụ liên kết đơn .
¾ Nhấn vào cửa sổ, kéo sang phải (hoặc trái) và nhả
¾ Để xem các nguyên tử bị khuất phía sau, ta dùng công cụ Trackball để quay tự do bằng tay hoặc bằng các nút công cụ tọa độ X, Y hoặc Z.
¾ Để khảo sát nguyên tử và liên kết trong cấu trúc phân tử, dùng công cụ Select:
9 Click công cụ Select, di chuyển đến nguyên tử
cacbon, thì hộp thông tin xuất hiện về nguyên tử
cacbon đó, loại cacbon thứ mấy trong phân tử, tên kiểu loại liên kết của nguyên tử đó
¾ Di chuyển điểm lên liên kết C-C để hiện thông tin chiều dài liên kết
¾ Để biểu diễn thông tin về góc hóa trị trong cấu trúc phân tử, ta chọn vài nguyên tử:
9 Click C(1) , sau đó nhấn Shift + click C(2) và H(4).
¾ Di chuyển điểm đến nguyên tử cần chọn hoặc liên kết thì góc cần chọn sẽ xuất hiện
Để biểu diễn góc nhị diện trong phân tử:
¾ Nhấn phím Shift và chọn 4 nguyên tử liên tiếp.
¾ Di chuyển điểm trỏ đến một điểm bất kỳ trong vùng trọn, thì sẽ hiện góc nhị diện được tạo thành bởi 4 nguyên tử đó:
Để thay đổi cấu trúc phân tử etan (C2H6) thành etylen (C2H4), thực hiện như sau:
¾ Click vào công cụ Double bond
¾ Rê chuột từ C(1) đến C(2).
¾ Điểm trỏ vào liên kết, chiều dài liên kết giảm và bậc liên kết tăng:
Từ mô hình phân tử này ta xây dựng thành mô
hình phân tử cyclohexan C6H12 :
¾ Click vào công cụ Select
¾ Click vào liên kết đôi, click chuột phải, trỏ đến Set bond order, chọn Single. Bậc liên kết được chuyển thành liên kết đơn.
¾ Ta có thể dễ dàng dấu các nguyên tử hydro để dễ
tạo cấu trúc phân tử: chọn View > Model Display >
Show Hydrogen atoms > Hide.
¾ Kéo thêm liên kết từ cacbon trong mô hình phân tử, liên kết C-C khác xuất hiện.
¾ Tiếp tục thêm liên kết vào cho đến khi đủ 6 cacbon
¾ Kéo một cacbon đến một cacbon khác, cấu trúc sẽ đóng vòng. (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
Để thêm số và tên nguyên tử dễ phân biệt và dễ
dàng trong việc xây dựng cấu trúc phân tử ta thực hiện như sau:
¾ View > Model Display > Show Serial Numbers
hoặc click vào biểu tượng Serial Number trong thanh công cụ Model Display .
¾ View > Model Display > Show Atom Symbols
hoặc click vào biểu tượng Atom Symbol trong thanh công cụ Model Display .
Nếu muốn thay đổi số nguyên tử, ta thực hiện
theo bước sau:
¾ Chọn công cụ Text Building
¾ Click vào nguyên tử đầu tiên, hộp text box xuất hiện ở ngay nguyên tử vừa chọn
¾ Gõ số nguyên tử mà bạn muốn vào (5 cho ví dụ
này).
¾ Nhấn enter, nguyên tử được chọn lúc đầu sẽ được
¾ Chọn View > Model Display > Show Hydrogen
atoms > Show All và dùng công cụ Trackball Tool
để xem cấu trúc phân tử vừa vẽ.
¾ Để thể hiện chính xác cho cấu trúc phân tử vừa mới vẽ được, ta thực hiện theo bước sau đây:
9 Chọn Edit>Select All. Tất cả các nguyên tử trong cấu trúc phân tử được chọn
3.2.3.3 Vẽ mô hình cấu trúc phân tử với công cụ
Text Building
Vẽ cấu trúc phân tử của hợp chất: 4-methyl-2-
pentanol.
¾ Chọn File > New hoặc click chọn New trên thanh công cụ Standard.
¾ Click vào công cụ Text Building .
¾ Click vào chổ trống cửa sổ làm việc. Hộp text box xuất hiện nơi ta click.
¾ Gõ “CH3CH(CH3)CH2CH(OH)CH3”.
Có thể vẽ cấu trúc này dễ dàng hơn bằng cách gõ Pentane trong ChemDraw ở hộp Name=Struct text box:
¾ Click chuột phải vào chổ trống trong bảng ChemDraw và chọn Structure > Convert Name to
Structure trong bảng menu.
¾ Trong hộp thoại Insert Structure , gõ Pentane và click OK. (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
¾ Trong cửa sổ làm việc Chem & Bio 3D, click vào công cụ Single Bond .
¾ Vẽ hai liên kết, một liên kết ở cacbon thứ 2 và một liên kết ở cacbon thứ 4 trong chuỗi pentane.
¾ Dùng công cụ Text, chọn 1 cacbon mở rộng từ
C(2) và thay đổi nó thành O.
¾ Chọn Edit > Select All.