Mục tiêu đầu tư đã được xác định trong nhiều thời kỳ kế hoạch 5 năm và hàng năm là tập trung đầu tư để chuyển dịch nhanh cơ cấu đầu tư, tăng hiệu quả của nền kinh tế, nhanh chóng hình thành các ngành kinh tế mũi nhọn, các vùng kinh tế trọng điểm, tạo điều kiện cho một số sản phẩm chính của nền kinh tế có qui mô sản xuất lớn, sức cạnh tranh trên thị trường trong và ngoài nước. Tuy nhiên, kết quả của nhiều năm đầu tư chưa thực hiện được mục tiêu đề ra.
Trong nông nghiệp còn nặng đầu tư vào thuỷ lợi (chiếm hơn 70% vốn đầu tư của ngành), chủ yếu là thuỷ lợi phục vụ cây lúa, việc xây dựng các công trình thuỷ lợi tưới cho các cây công nghiệp còn ít, còn coi nhẹ đầu tư thuỷ lợi cấp nước cho công nghiệp và dân sinh, cho nuôi trồng thuỷ sản. Vốn cho công tác nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, công tác giống, khuyến nông, khuyến lâm, khuyến ngư thời gian đầu chưa được quan tâm thoả đáng (những năm gần đây đã được điều chỉnh).
Trong công nghiệp, đã quá chú trọng vào việc đầu tư để tăng công suất sản xuất mà chưa chú ý đúng mức đến đầu ra của sản phẩm, đầu tư quá mức vào một số ngành, làm cho một số sản phẩm cung vượt quá cầu; chưa tập trung đổi mới công nghệ theo hướng hiện đại.
Nguồn vốn ngân sách Nhà nước đã tập trung chủ yếu cho các công trình hạ tầng kinh tế và hạ tầng xã hội, nhằm thu hút nhiều hơn các thành phần kinh tế khác tham gia đầu tư. Nhưng tình trạng đua nhau xây dựng các trụ sở làm việc với qui mô
và trang thiết bị đắt tiền vượt quá xa tiêu chuẩn cần thiết, gây lãng phí, kém hiệu quả, tạo sự không công bằng. Bệnh hình thức, phô trương trong các công trình trụ sở còn rất phổ biến, từ Trung ương đến địa phương.
Việc đầu tư vào các công trình không có khả năng cạnh tranh như các công trình sản xuất thép, phân đạm, mía đường và một số sản phẩm khác trong thời gian vừa qua mà giá thành sản phẩm vượt xa giá thành nhập khẩu sản phẩm cùng loại là vấn đề rất đáng rút kinh nghiệm và nên tránh trong quá trình xem xét và triển khai đầu tư
Vốn đầu tư thất thoát diễn ra từ khâu chuẩn bị dự án, thẩm định và phê duyệt dự án đầu tư đến khâu thực hiện đầu tư và xây dựng. Tình trạng đầu tư không theo quy hoạch được duyệt; khâu khảo sát nghiên cứu thiếu tính đồng bộ, không đầy đủ các chỉ tiêu kinh tế, khả năng tài chính, nguồn nguyên liệu, bảo vệ môi trường, điều tra thăm dò thị trường không kỹ; chủ trương đầu tư không đúng khi xem xét, phê duyệt dự án đầu tư. Việc thẩm định và phê duyệt chỉ quan tâm tới tổng mức vốn đầu tư, không quan tâm tới hiệu quả, điều kiện vận hành của dự án, nên nhiều dự án sau khi hoàn thành và đưa vào sử dụng không phát huy tác dụng, gây lãng phí rất lớn.
Lãng phí và thất thoát và tiêu cực trong đầu tư và xây dựng đang là vấn đề nhức nhối, cả xã hội quan tâm; kéo dài nhiều năm với mức độ ngày càng trầm trọng mà đến nay vẫn chưa có biện pháp hữu hiệu để hạn chế.
Một số Bộ, ngành, địa phương khi xác định mức vốn đầu tư ít quan tâm đến việc tiết kiệm vốn đầu tư, sử dụng đơn giá, định mức trong tính toán cao hơn quy định, làm tăng khối lượng, tăng dự toán công trình. Nhiều dự án không làm đúng thiết kế, chủ đầu tư và bên thi công móc nối, thoả thuận khai tăng khối lượng, điều chỉnh dự toán để rút tiền và vật tư từ công trình.
Ngoài ra, do năng lực quản lý điều hành kém của chủ đầu tư, các ban quản lý dự án, các tổ chức tư vấn cũng là nguyên nhân gây lãng phí, thất thoát vốn đầu tư.
Qua kiểm tra một số công trình, đã phát hiện tình trạng lãng phí và thất thoát vốn nhà nước diễn ra phổ biến ở nhiều công trình, nhiều dự án, nhiều lĩnh vực,
nhiều cấp; tỷ lệ lãng phí và thất thoát của những công trình có mức lãng phí và thất thoát thấp cũng tới 10%, cao thì lên tới 30-40%, thậm chí có công trình lên đến 80%. Đó là chưa tính đến những công trình đầu tư kém hiệu quả, công nghệ sản xuất lạc hậu, sản xuất ra các sản phẩm với chất lượng kém, giá thành cao và không tiêu thụ được...
Nguyên nhân chính, tổng quát của hiện tượng lãng phí và thất thoát nằm ở chính những cơ chế kiểm soát hiện có; vừa cồng kềnh, vừa chồng chéo nhau, làm cho có quá nhiều người có thẩm quyền can thiệp vào công trình nhưng không thể xác định được trách nhiệm chính thuộc về ai, do đó không thể quản lý được hoặc quản lý rất kém hiệu quả.
Đặc biệt, cơ chế không quy định rõ chủ thực sự của các công trình. Nếu như có được một cơ chế đơn giản, không chồng chéo nhau, trong đó mỗi khâu chỉ có một người chịu trách nhiệm toàn bộ trước pháp luật, thì chắc chắn tình hình sẽ không tồi tệ như vậy.
Hàng năm nguồn vốn Nhà nước chủ yếu tập trung cho đầu tư xây dựng các công trình mới, phần vốn cho công tác duy tu bảo dưỡng là rất thấp. Do vậy hiệu quả tổng hợp sử dụng 2 nguồn vốn này chưa cao, công trình không được chú ý duy tu bảo dưỡng thường xuyên nên mau xuống cấp, hư hỏng. Việc duy tu bảo dưỡng chưa theo một kế hoạch và theo quy trình bắt buộc mà mới theo kiểu hỏng đâu sửa đấy, việc sửa chữa chắp vá, hiệu quả thấp.
Đây là một tồn tại lớn trong công tác quản lý đầu tư xây dựng cơ bản, mặc dù các nhà quản lý đã nhận thấy cần có sự điều chỉnh cho phù hợp hơn, nhưng còn gặp nhiều khó khăn. Rất nhiều công trình, sau khi đưa vào sử dụng nhưng do thiếu vốn duy tu bảo dưỡng, đã xuống cấp rất nhanh, nên chỉ 4-5 năm đã phải sửa chữa nâng cấp, với số vốn chi phí cũng gần bằng khi xây mới, thậm chí phải xây dựng lại rất tốn kém.