SGDI-NHNN&PTNT có địa bàn hoạt động rộng lớn, khoản vay nhỏ, chi phí cao; các doanh nghiệp vay vốn phần lớn không chấp hành tốt chế độ hạch toán kinh doanh. Trong khi đó, hệ thống thông tin phòng ngừa rủi ro lại cha đủ điều kiện để cung cấp thông tin cập nhật về thị trờng, về khách hàng dẫn đến khó khăn cho NH trong thẩm định và quản lý vốn cho vay.
Hơn nữa, ở một số nơi, một cán bộ tín dụng phải quản lý một khối lợng khách hàng lớn, d nợ nhiều nên công tác kiểm tra sau đối với khách hàng không đ- ợc thờng xuyên, do đó không phát hiện đợc những khách hàng sử dụng vốn sai mục đích hoặc có hành vi lừa đảo để xử lý kịp thời.
Địa bàn hoạt động của SGDI -NHNN&PTNT chủ yếu là ở khu vực nông thôn, miền núi, vùng sâu, vùng xa. Đó là những nơi có trình độ dân trí thấp, cơ sở hạ tầng yếu kém, các “ tổ chức tín dụng ngầm”, hụi, họ, cho vay nặng lãi hoạt động rất mạnh, tạo ra môi trờng kinh doanh khó khăn, phức tạp cho NH.
Hiện nay, NH vẫn cho vay trên cơ sở phê duyệt dự án của cơ quan có thẩm quyền. Trong khi đó, trách nhiệm về kết quả thẩm định của các cơ quan thẩm định cha đợc quy định rõ ràng. Nếu dự án đợc thẩm định không tốt, NH phải chịu rủi ro về vốn, còn các cơ quan thẩm định và phê duyệt chỉ chịu một phần trách nhiệm về hành chính. Cùng với đó, các chơng trình cho vay theo chỉ định của Chính phủ lại cha thể chế hoá bằng các văn bản dới luật để tạo hành lang pháp lý cho hoạt động NH.
Một nguyên nhân khách quan nữa thờng xuyên gây ra những rủi ro bất khả kháng cho hoạt động NH, đó là: Việt Nam là một nớc nhiệt đới gió mùa hàng năm luôn phải chịu hậu quả nặng nề của thiên tai, lũ lụt, hạn hán, dịch bệnh. Nhiều dự án đầu t xây dựng cho nguồn hàng XK (nh lơng thực, thuỷ sản, cây công nghiệp...) không có khả năng thu hồi vốn do thiên tai. Cộng thêm với việc thị trờng tiêu thụ nông sản phẩm còn yếu và thiếu các tổ chức tiêu thụ nông sản phẩm cho nông dân; công nghệ sau thu hoạch, bảo quản, chế biến còn thiếu và lạc hậu đã làm cho giá gạo và nông sản phẩm tiêu thụ, XK thấp, không ổn định, không khuyến khích đợc ngời sản xuất.
Môi trờng kinh doanh phức tạp nh vậy đã trực tiếp hoặc gián tiếp gây ra những rủi ro cho hoạt động của NH.