Mục tiêu phát triển cụ thể của KTNN cần phải đ−ợc xác định đồng bộ trên cả 3 mặt, đó là năng lực hoạt động, hiệu lực kiểm toán và hiệu quả kiểm
toán.
a)Về năng lực kiểm toán
Năng lực kiểm toán của KTNN đ−ợc hiểu là khả năng đáp ứng đ−ợc khối l−ợng các công việc theo chức năng và nhiệm vụ đ−ợc giao. Về nguyên tắc, cơ quan KTNN phải đảm bảo kiểm toán đầy đủ báo cáo quyết toán ngân
sách nhà n−ớc (NSNN) và mọi đơn vị thuộc đối t−ợng của KTNN theo quy định của Luật NSNN và Luật (Pháp lệnh) KTNN. Tuy nhiên, để có năng lực đáp ứng cơ bản nhiệm vụ kiểm toán nói trên, ngay trong một thời gian ngắn, quy mô của cơ quan KTNN phải phát triển một cách nhanh chóng, gấp nhiều lần so với quy mô hiện tại. Điều này là rất khó thực hiện trong giai đoạn chúng ta đang tiến hành cải cách hành chính. Mặt khác, một trong các đặc tr−ng của nghề nghiệp kiểm toán là việc kiểm tra trên cơ sở chọn mẫu các đối t−ợng kiểm toán và trong mỗi đối t−ợng kiểm toán cũng chọn mẫu để kiểm tra, đánh giá để đ−a ra các kết luận kiểm toán, vì vậy, việc kiểm tra hàng năm toàn bộ các đối t−ợng kiểm toán là không cần thiết. Do đó, chiến l−ợc phát
triển KTNN trong từng giai đoạn chỉ nên xác định một năng lực tổ chức bộ máy, số l−ợng kiểm toán viên để đáp ứng kiểm toán một tỷ lệ nhất định các đối t−ợng kiểm toán theo từng lĩnh vực. Cụ thể giai đoạn 2001-2010 đ−ợc dự kiến
nh− sau:
+ Giai đoạn đến 2005, KTNN hàng năm phải đảm bảo kiểm toán đ−ợc báo cáo tổng quyết toán NSNN với t− cách là một báo cáo tài chính độc lập, đồng thời đảm bảo kiểm toán định kỳ hàng năm khoảng 40-50% đầu mối các bộ, ngành ở trung −ơng; khoảng 50% báo cáo quyết toán NSNN cấp tỉnh và thành phố trực thuộc trung −ơng; 50-60% cấp quận - huyện và 30% số xã- ph−ờng, thị trấn; kiểm toán đ−ợc khoảng 50% các dự án nhóm A hoàn thành trong năm; kiểm toán 2 năm 1 lần các Tổng công ty nhà n−ớc.
+ Giai đoạn đến 2010, phấn đấu kiểm toán đ−ợc hàng năm tất cả các đầu mối NSNN của các bộ, ngành, các tỉnh; khoảng 75% số huyện và 50% xã, ph−ờng, thị trấn; 100% các tổng công ty nhà n−ớc và khoảng 75% các dự án nhóm A hoàn thành trong năm. Đồng thời, trong mỗi đối t−ợng kiểm toán cần tăng quy mô mẫu kiểm toán lên 1,5-2 lần để nâng cao chất l−ợng kiểm toán, hạn chế rủi ro kiểm toán và đáp ứng mục tiêu kiểm tra, xác nhận độ tin cậy của báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán.
b) Về hiệu lực kiểm toán
Hiệu lực kiểm toán của KTNN thể hiện tr−ớc hết và chủ yếu ở địa vị pháp lý của cơ quan KTNN và ở tính hiệu lực của việc thực hiện các kiến nghị, kết luận kiểm toán. Vì vậy, chiến l−ợc phát triển KTNN cần xác định rõ các nội dung và tập trung các giải pháp nâng cao chất l−ợng hoạt động kiểm toán (đào tạo đội ngũ KTV có trình độ cao; sử dụng đ−ợc các ph−ơng pháp, kỹ thuật kiểm toán tiên tiến, hiện đại; nâng cao chất l−ợng của báo cáo kiểm toán...). Đồng thời, cần khẳng định trong Luật (Pháp lệnh) KTNN giá trị pháp lý của báo cáo kết quả kiểm toán và việc công bố công khai kết quả kiểm toán.
c) Về hiệu quả kiểm toán
Hiệu quả kiểm toán chỉ có thể đạt đ−ợc khi đảm bảo tính kinh tế của kiểm toán. Theo quan điểm kinh tế, lợi ích của kiểm toán mang lại phải lớn hơn chi phí cho tổ chức và hoạt động của KTNN. Tuy đây là một tiêu thức định tính, khó có thể l−ợng hoá một cách cụ thể, song các tổ chức KTNN trên thế giới đều hết sức coi trọng vấn đề này. Trên thực tế, để đảm bảo tính hiệu quả, bản thân tổ chức và hoạt động của KTNN phải dựa trên cơ sở tiết kiệm, sử dụng có hiệu quả nhất các nguồn lực đ−ợc Nhà n−ớc cung cấp; trang bị và sử dụng các ph−ơng tiện kiểm toán hiện đại, đặc biệt về công nghệ thông tin, áp dụng các ph−ơng pháp và kỹ thuật kiểm toán tiến tiến ...trên cơ sở một đội ngũ KTV có đạo đức phẩm chất tốt, tinh thông nghiệp vụ chuyên môn.
Các mục tiêu cụ thể trên đây vừa có tính độc lập nhất định, vừa có quan hệ biện chứng và hữu cơ với nhau, và nếu thực hiện tốt, đồng bộ các mục tiêu này sẽ đạt đ−ợc mục tiêu chung phát triển KTNN trở thành một công cụ kiểm tra tài chính mạnh của Nhà n−ớc.