Các chính sách thuếđược điều chỉnh theo hướng xoá bỏ phân biệt đối xử giữa đầu tư trong nước với đầu tư nước ngoài, giữa doanh nghiệp nhà nước và doanh nghiệp ngoài quốc doanh và ngày càng minh bạch hơn. Từ 1/1/2004 theo quy định mới của Luật thuế
GTGT, TNDN, tiêu thụ đặc biệt, cơ sở kinh doanh tự tính, tự khai và tự nộp vào NSNN, không phải chờ thông báo của cơ quan thuế. Ngoài ra, còn có cải tiến trong việc đăng ký cấp mã số thuế, thống nhất áp dụng chung một mã số thuế cho cả hoạt động kinh doanh trong nước và hoạt động xuất nhập khẩu, rút ngắn thời gian làm thủ tục; đơn giản hóa thủ tục, hồ sơ trong các khâu mua hóa đơn, khuyến khích DN sử dụng hóa đơn tự in, giảm bớt phiền hà cho DN. Thực hiện quy trình hoàn thuế mới: hoàn thuế trước kiểm tra sau đối với các DN chấp hành tốt pháp luật thuế; quy định cụ thể thời gian hoàn thế; ban hành quy trình quản lý thuếđối với DN và hộ cá thể kinh doanh.
Tuy nhiên, chính sách thuế vẫn còn một số hạn chế:
* Về thuế giá trị gia tăng:
Thứ nhất, thuế GTGT vẫn chưa quy định ngưỡng doanh thu miễn thuế áp dụng đối với các doanh nghiệp nhỏ. Điều này vừa gây khó khăn cho cơ sở kinh doanh nhỏ trong việc thực hiện Luật thuế do họ vẫn phải thực hiện đủ mọi quy trình thủ tục về kê khai, thu nộp, quyết toán thuế như các doanh nghiệp lớn, trong khi họ bị hạn chế về mọi phương diện: vốn, điều kiện kinh doanh, kết quả kinh doanh,..., vừa tăng chi phí quản lý thuế của cơ quan thuế do số lượng đối tượng nộp thuế mà cơ quan thuế phải quản lý tăng hơn gấp nhiều lần so với số lượng đối tượng nộp thuế doanh thu trước đây.
Thứ hai, việc sử dụng đồng thời 2 phương pháp tính thuế GTGT là phương pháp khấu trừ thuế và phương pháp tính thuế trực tiếp trên giá trị gia tăng đã dẫn đến các giao dịch giữa hai loại đối tượng nộp thuế theo từng phuơng pháp này tiếp tục bị đánh thuế trùng lắp do các doanh nghiệp lớn không được khấu trừ thuế đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ mà họ mua từ các đối tượng kinh doanh nhỏ (các đối tượng kinh doanh nhỏ chỉ có hóa đơn thông thường, không có hóa đơn GTGT). Cũng như vậy, các đối tượng kinh doanh nhỏ mua hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp lớn dù thực tế có trả thuế GTGT cũng không được khấu trừ thuế do họ không thuộc diện nộp thuế theo phương pháp khấu trừ. Mặt khác, việc sử dụng 2 phương pháp tính thuế tất yếu dẫn đến việc phải sử dụng đồng thời 2 loại hóa đơn (hóa đơn GTGT và hóa đơn thông thường), theo đó, chỉ hàng hóa, dịch vụ mua vào có hóa đơn GTGT mới được dùng làm căn cứ khấu trừ thuế GTGT đầu vào, từđó, hình thành một sân chơi không bình đẳng mà thế bất lợi trong cạnh tranh thuộc về các đối tượng kinh doanh nhỏ. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ sẽ tạo thành khoản chi phí của các cơ sở kinh doanh nhỏ, đẩy họ vào thế bất lợi hơn trong cạnh tranh, nhất là về giá cả so với các doanh nghiệp lớn.
Thứ ba, thuế GTGT vẫn còn nhiều mức thuế suất. Mặt dù kể từ 01/01/2004, thuế GTGT chỉ còn 2 mức thuế suất dương là 5% và 10% (chưa kể thuế suất 0% áp dụng cho xuất khẩu), song do các tiêu chí làm căn cứ phân định giữa các mức thuế suất cũng như nguyên tắc áp dụng thuế suất vừa theo sản phẩm, vừa theo mục đích sử dụng của sản phẩm nên trong quá trình thực thi phát sinh nhiều vướng mắc cho DN, nhất là những DNNVV trong quá trình thực thi Luật Thuế do hạn chế về tiếp cận thông tin, tư vấn thuế, mối quan hệ với các cơ quan quản lý nhà nước,... Tồn tại này đã làm gia tăng chi phí của
DN mà các chi phí này không hoàn toàn phụ thuộc vào kết quả hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Cụ thể như: thuế suất của sản phẩm cơ khí là 5% hay 10% tùy thuộc vào sản phẩm cơ khí đó dùng cho sản xuất hay tiêu dùng; trong thiết bị chuyên dùng cho y tế thì thuế suất 5%, ngược lại, nếu dùng cho các mục đích khác thì thuế suất 10%;... thuế suất áp dụng đối với phụ tùng, linh kiện, thiết bị đôi khi lại cao hơn thuế suất của sản phẩm nguyên chiếc, ví dụ, máy vi tính nguyên chiếc có thuế suất là 5%, trong khi đó, có loại linh kiện lại có thuế suất là 10%.
Thứ tư, việc áp thuế suất đối với một số hàng hóa, dịch vụ vào nhóm thuế suất 5% hay 10% chưa thật hợp lý dẫn đến các trường hợp: hoặc doanh nghiệp luôn luôn ở tình trạng được hoàn thuế (do hàng hóa, dịch vụ đầu vào thuộc diện chịu thuế suất 10% chiếm tỷ trọng chủ yếu trong khi thuế đầu ra của sản phẩm lại là 5%), từ đó làm tăng khối lượng công việc của cơ quan thuế; hoặc đặt doanh nghiệp ở tình trạng không bao giờ được hoàn thuế, thậm chí còn phải chia xẻ một phần gánh nặng thuế đối với người tiêu dùng (do tỷ trọng đầu vào của doanh nghiệp chủ yếu thuộc diện chịu thuế 5% trong khi thuếđầu ra của sản phẩm lại là 10%).
* Về thuế thu nhập doanh nghiệp:
Đối tượng điều chỉnh của Luật thuế TNDN quá rộng, không phân biệt thành phần kinh tế, quy mô kinh doanh mà cứ phát sinh thu nhập từ kinh doanh đều chịu thuế TNDN, bao gồm cả doanh nghiệp tư nhân (người buôn chuyến, cá nhân hành nghề tự do như bác sĩ, luật sư, kiến trúc sư...), vì vậy, chính sách thuế TNDN đã tạo ra sự bất bình đẳng về nghĩa vụ thuế giữa các cá nhân có cùng mức thu nhập nhưng nguồn phát sinh thu nhập khác nhau. Cụ thể, cá nhân kinh doanh thì điều chỉnh bởi thuế TNDN, tức là ngay từ đồng thu nhập đầu tiên đã phải nộp thuế, các doanh nghiệp tư nhân (đa số là DNNVV), nhóm kinh doanh, hợp tác xã đều bị điều chỉnh bởi thuế TNDN; cá nhân có thu nhập từ hoạt động khác thì điều chỉnh bởi pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao (người Việt Nam có mức thu nhập bình quân trên 5 triệu đồng/tháng mới phải nộp thuế). Bên cạnh đó, việc chỉ quy định một phương pháp tính thuế duy nhất cho tất cả các đối tượng thuộc diện điều chỉnh của thuế TNDN, sẽ không thể đúng và chính xác được với mọi lĩnh vực kinh doanh và cũng không phù hợp được với mọi quy mô kinh doanh, đặc biệt trong các trường hợp quá khác biệt.
Ngoài ra, một số quy định trong hệ thống thuế còn phức tạp về hồ sơ thủ tục trong việc kê khai tính thuế, miễn giảm, do đó DNNVV vẫn gặp khó khăn trong việc kê khai thuế, đã hạn chế các doanh nghiệp công khai hoạt động sản xuất - kinh doanh của mình, vì vậy một số doanh nghiệp vẫn còn đăng ký hoạt động theo hình thức Hộ kinh doanh cá thểđể nhận thuế khoán.