Các thông tư hướng dẫn dưới luật không ban hành kịp thời, có độ trễ quá lớn ( Luật NSNN ra đời ngày 16/12/2002 nhưng đến 6/6/2003 Nghị định 60/2003/NĐ-CP của Chính phủ qui định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật NSNN và Thông tư 59/2003/TT-BTC ngày 23/6/2003 của Bộ tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định 60/2003/NĐ-CP ngày 6/6/2003 mới ra đời và đến 13/8/2003 mới có Thông tư 79/2003/TT-BTC ngày 13/08/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ quản lý, cấp phát, thanh toán các khoản chi NSNN qua KBNN.), hệ thống pháp luật không đồng bộ làm cho những người thực hiện lúng túng, hoặc còn thiếu nội dung điều chỉnh cũng là một trong những nguyên nhân làm cho cấp dưới khó triển khai thực hiện. Đương cử như Thông tư 79/2003/TT-BTC ngày 13/08/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ quản lý, cấp phát, thanh toán các khoản chi NSNN qua KBNN ở mục 1.1 “phạm vi áp dụng của thông tư này là các khoản chi của NSNN; bao gồm các khoản chi thường xuyên; chi sự nghiệp kinh tế; chi
chương trình mục tiêu; chi kinh phí uỷ quyền và các khoản chi khác của NSNN. Thông tư này không áp dụng đối với ngân sách xã;…” nhưng cũng trong cùng thời gian có công văn số 1189/KB-KHTH ngày 10/9/2003 của KBNN Trung Ương về việc quản lý ngân sách xã qua KBNN thì lại qui định “ việc quản lý ngân sách xã và các quỹ tài chính khác của xã qua KBNN được thực hiện đúng theo các qui định tại thông tư 60/2003/TT-BTC ngày 23/6/2003 của Bộ tài chính quy định về quản lý NSX và các hoạt động tài chính khác ở xã; thông tư 79/2003/TT-BTC ngày 13/8/2003; …”.
Thông tư 79/2003/TT-BTC ngày 13/08/2003 của Bộ Tài chính ở mục 4.5 phần hướng dẫn kiểm soát và lưu giữ chứng từ tại KBNN. Đối với các khoản thanh toán tạm ứng đối với các khoản chi thường xuyên khác, đơn vị sử dụng NSNN căn cứ vào chứng từ gốc của từng khoản chi để lập 02 liên “bảng kê chứng từ thanh toán” gửi KBNN. KBNN kiểm tra, kiểm soát và lưu 01 liên bảng kê chứng từ thanh toán vào hồ sơ kiểm soát chi. Đơn vị sử dụng NS chịu trách nhiệm về tính trung thực, chính xác của bảng kê chứng từ thanh toán. Thế nhưng thông tư 81/2006/TT-BTC ngày 06/09/2006 “Hướng dẫn chế độ kiểm soát chi đối với các đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính” thì quy định thanh toán tạm ứng đối với các khoản chi thường xuyên khác là: ngoài bảng kê thanh toán có đầy đủ chữ ký của thủ trưởng, kế toán trưởng hoặc người được uỷ quyền còn có các hồ sơ , chứng từ khác có liên quan. Ở đây có sự mâu thuẩn giữa đơn vị khoán chi và không khoán chi là đơn vị được giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm thì KBNN lại kiểm soát chặt chẽ đến từng chứng từ trong khi đó các đơn vị không được giao quyền tự chủ thì lại kiểm soát theo thông tư 79 là chỉ kiểm bảng kê, đơn vị phải chịu trách nhiệm về tính pháp lý của bảng kê.
Tiền Giang là tỉnh nguồn thu không đáp ứng nhu cầu chi, phải nhận trợ cấp của ngân sách cấp trên hàng năm, vì vậy tồn quỹ NS rất căng thẳng
nên khi các đơn vị có nhu cầu chi nhưng NS không đáp ứng kịp, do đó buộc các đơn vị phải mượn tạm các nguồn tiền khác của đơn vị để chi như mua sắm tài sản, thanh toán hàng hoá, dịch vụ công cộng…khi có tồn quỹ NS thì đơn vị đòi rút tiền mặt để trả lại các nguồn tiền khác hoặc yêu cầu Kho bạc chuyển vào tài khoản tiền gửi của đơn vị nhưng các yêu cầu này đều vi phạm quy chế về quản lý tiền mặt và quy định không được phép chuyển tiền vào tài khoản tiền gửi của đơn vị. Điều này dẫn tới Kho bạc rất lúng túng trong việc xử lý những trường hợp này.