Có rất nhiều nguyên nhân của sự thất bại nói trên. Đây có thể là những vấn đề phát sinh trước, trong và sau khi kết thúc thương vụ M&A và cũng chính là những kinh nghiệm quý báu cho các bên tham gia.
Những vấn đề trong giai đoạn trước và trong khi tiến hành thương vụ M&A thường là do hai bên mua bán không tìm hiểu kỹ đối tác của mình, việc thẩm định về tài chính và pháp lý không thấu đáo nên không thể phát hiện được các rủi ro tiềm ẩn bên trong; hoặc là có tìm hiểu nhưng do phương pháp thẩm định không thực tế dẫn tới việc mua bán không đúng giá trị... Hay nói cách khác họ đã chọn nhầm đối tác để có thể mang lại lợi ích cho họ sau thương vụ M&A.
Tuy nhiên, nếu họ đã chọn đúng đối tác nhưng trong quá trình đàm phán hai bên đã không lưu ý đến một số việc rất quan trọng, có ảnh hưởng lớn về sau như: việc hợp nhất hệ thống thông tin (khách hàng, đặc tính của khách hàng, thị trường, đặc biệt là quy trình thực hiện nghiệp vụ của công ty, cách hạch toán kế toán và báo cáo tài chính trong doanh nghiệp...), một số vấn đề về nhân sự, chiến lược phát triển chung và các chiến lược dài hạn... Kết quả là không có được sự nhất trí đồng tình trong công việc chung, tất yếu cũng sẽ dẫn đến những mâu thuẫn về các quyền lợi và định hướng phát triển về sau.
Đồng thời trong quá trình thực hiện M&A, sự phân công người có thẩm quyền phụ trách thương vụ, các công việc phải thực hiện không được sắp xếp hợp lý và điều phối nhịp nhàng cũng ảnh hưởng không nhỏ đến sự thành bại
của thương vụ M&A.
Không những vậy, cho dù một thương vụ M&A đã kết thúc hoàn toàn tốt đẹp, thỏa mãn ý chí của cả hai bên nhưng đó vẫn chưa phải là kết quả của một thương vụ M&A hoàn hảo. Bởi vì mục đích của hoạt động này là lợi ích kinh tế của hai bên tham gia. Thông thường các vấn đề phát sinh làm cho “hậu M&A” không đạt được kết quả mong muốn là: văn hóa hai bên không phù hợp, hai bên không nhiệt tình hợp tác; kỹ năng, thế mạnh của các bên không được chuyển giao đầy đủ, sự yếu kém trong quản lý và điều hành doanh nghiệp mới; tập trung vào vấn đề điều hành tổ chức mà không chú trọng đến công việc kinh doanh (động cơ về quyền lực hơn là về kinh tế)... Điều này sẽ ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh và nguồn thu nhập của họ.
Riêng đối với các ngân hàng Mỹ thì họ đã thất bại là do thiếu quyết tâm lẫn kỹ năng sáp nhập một cách có hiệu quả. Một phần nguyên nhân nữa là do việc sáp nhập được tiến hành theo cách không tiết kiệm. Các ngân hàng mua lại vẫn giữ nguyên bộ máy quản lý cũ, xuất hiện nhu cầu về một bộ máy quan liêu mới để làm trung gian liên lạc giữa ngân hàng đi mua và ngân hàng mua lại. Do các quy trình hai bên không giống nhau nên cần có thêm nhân viên để giải thích và kiểm soát các công việc của ngân hàng mới được mua lại. Lúc này nhiệm vụ cho các nhân viên cấp dưới bị tăng lên; và khi giám đốc chi nhánh kiểm tra các con số do hội sở cung cấp sẽ không thừa nhận sự phân bổ các chi phí điều hành và quản lý chung nhiều hơn dự tính.