Nghị quyết Đại hội Đảng lần thứ 9 chỉ rõ: "Tiếp tục cải cách hệ thống thuế phù hợp với tình hình đất nớc và các cam kết quốc tế, nuôi dỡng nguồn thu và thu đúng, thu đủ theo quy định của pháp luật". Yêu cầu đặt ra là phải hoàn thiện, đơn giản hoá, bổ sung các sắc thuế; từng bớc áp dụng hệ thống thuế thống nhất với các thành phần kinh tế, với doanh nghiệp trong nớc và doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài; đảm bảo công bằng xã hội cho mọi đối tợng nộp thuế và phát huy động lực phát triển; hiện đại hoá công tác thu thuế và tăng cờng quản lý nhà nớc với mọi hoạt động xản xuất, kinh doanh, mọi đối tợng nộp thuế.
Trớc mục tiêu chung đó, mục tiêu riêng của công tác quản lý thuế xuất nhập khẩu của Việt Nam đợc đề ra nh sau:
Về tài chính: đẩy mạnh công tác xuất nhập khẩu để bù đắp phần thuế xuất nhập khẩu bị giảm do thuế suất giảm theo lộ trình CEPT và tiến tới gia nhập WTO.
Về xã hội: phát huy công khai dân chủ trong quá trình xây dựng, triển khai luật thuế, đảm bảo chính sách động viên công bằng giữa các thành phần kinh tế tham gia hoạt động xuất nhập khẩu.
Về pháp lý: Có sự nhất quán, rõ ràng, cụ thể của các quy định từ trong luật đến nghị định, thông t, đảm bảo đợc cách hiểu và cách làm thống nhất; Giao thêm quyền cỡng chế trong xử lý vi phạm cho cơ quan hải quan với những quy định đầy đủ, rõ ràng, mang tính khả thi.
Về tổ chức quản lý: Khẩn trơng thực hiện cải cách thủ tục hành chính theo hớng khắc phục các thủ tục gây phiền hà, không cần thiết cho các đối tợng nộp thuế, nhng không có nghĩa là buông lỏng quản lý, tạo sơ hở cho lợi dụng trốn, lậu thuế.