Sau thành công bước đầu về tái cấu trúc, Eximbank nhanh chóng hoàn thiện dần mô hình tổ chức theo hướng nâng cao vai trò quản trị của Hội sở thông qua việc các Khối chức năng tăng cường giám sát, quản lý tập trung các khu vực kinh doanh, sát cánh hỗ trợ triển khai nghiệp vụ nhằm tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc một cách nhanh chóng và hiệu quả nhất, đồng thời đảm bảo tính năng động linh hoạt trong vai trò thực hiện chức năng kinh doanh của các đơn vị bán hàng.
Với phương châm phát triển an toàn và bền vững, Eximbank đang từng bước hoàn thiện bộ máy quản lý rủi ro thông qua công tác tổ chức lại thành phần và nội dung hoạt động của bộ phận quản lý rủi ro. Mục tiêu là phân định nghiã vụ và trách nhiệm một cách rõ ràng giữa các bộ phận. Công tác giám sát hoạt động luôn tuân thủ theo nguyên tắc: bảo đảm tính khách quan, trung thực và thường xuyên liên tục, bao trùm tất cả các hoạt động của ngân hàng bán lẻ. Vì vậy, dù tốc độ tăng trưởng dư nợ bán lẻ trong năm khá cao nhưng tỷ lệ nợ xấu và nợ quá hạn ở dưới mức cho phép. Theo mô hình tái cấu trúc mới, ngân hàng đã thành lập phòng Quản lý rủi ro nhằm chuyên nghiệp hóa công tác quản lý rủi ro toàn bộ lĩnh vực hoạt động của ngân hàng. Công tác quản lý rủi ro của Uỷ ban ALCO đã được vận hành và mang lại hiệu quả thiết thực, phù hợp với Quyết định 457/2005/QĐ-NHNN ngày 19/04/2005 của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Tuy nhiên, các thiết chế, thể chế, quy chế, quy định trong quản lý kinh doanh hoạt động NHBL còn chưa đầy đủ, chưa được chuẩn hóa và hoàn thiện để phù hợp với thông lệ quốc tế. Eximbank chưa xây dựng được chiến lược đồng bộ, hiệu quả
và cụ thể để phát triển hoạt động kinh doanh NHBL (khách hàng, thị trường, sản phẩm, kênh phân phối…), quan điểm phát triển kinh doanh NHBL ở cấp chi nhánh còn chưa nhất quán, chưa được quan tâm đúng mức, văn hóa kinh doanh vẫn quen làm món lớn (bán buôn). Trình độ quản lý kinh doanh, quản lý rủi ro còn một số hạn chế, cho vay tín dụng chủ yếu dựa vào tài sản đảm bảo, năng lực thẩm định tín dụng còn yếu nên vẫn còn hiện tượng tiêu cực trong cho vay, năng lực kiểm soát và tự kiểm soát trong các hoạt động bán lẻ còn chưa cao để phòng tránh các rủi ro đạo đức và rủi ro tác nghiệp.