Trong bối cảnh khủng hoảng chung của kinh tế khu vực vào năm 1997, Ngân hàng Cơng Thương Việt Nam nĩi chung, chi nhánh Ngân hàng Cơng Thương TP.HCM nĩi riêng chịu nhiều ảnh hưởng từ hậu quả của vụ án Minh Phụng-Epco: Nợ tồn động gần 90% trên tổng dư nợ cho vay nền kinh tế; Các mặt hoạt động kinh doanh đều giảm sút; Sự mất mát hàng loạt các cán bộ ngân hàng; Uy tín của ngân hàng bị giảm sút trầm trọng; ða số khách hàng của Ngân hàng Cơng Thương Chi nhánh TP.HCM chuyển sang giao dịch với các ngân hàng khác.
ðứng trước thực trạng, bối cảnh nêu trên, để tiếp tục vực dậy hoạt động kinh doanh của Chi Nhánh NHCT TP.HCM, đồng thời thực hiện chủ trương xây dựng một ngân hàng lớn trong khu vực phía Nam, nâng cao tính cạnh tranh của NHCT, ngày 14/09/1997 Chủ tịch Hội đồng quản trị NHCTVN đã ban hành Quyết định số 52/Qð-NHCTVN sáp nhập NHCT Chi nhánh TP.HCM vào Sở Giao Dịch II (cũ) và chính thức hoạt động từ ngày 01/10/1997 với tên giao dịch Sở Giao Dịch II – NHCTVN, tên giao dịch quốc tế là Industrial And Commercial Bank of Viet Nam- Main Transation Office II, viết tắt là ICBV-MTO II. Trụ sở hoạt động tọa lạc tại số 79A, Hàm Nghi, Quận 1, TPHCM, trung tâm tài chính ngân hàng của TP.HCM.
ðến năm 2006, sau gần 10 năm hoạt động, SGDII đã vượt qua mọi khĩ khăn thách thức, khơng ngừng phát triển ổn định và bền vững. ðặc biệt là đã củng cố được vị thế, uy tín đối với khách hàng trong và ngồi nước, nhiều lĩnh vực nghiệp vụ của SGDII đã cĩ tốc độ tăng trưởng cao và đứng đầu trong tồn hệ thống như: Nguồn vốn huy động đạt 8.300 tỷ VNð tăng 4 lần so với năm 1997; Dư nợ luân chuyển và đầu tưđạt gần 7.000 tỷ VNð tăng 13 lần so với năm 1997; Dịch vụđối ngoại được mở rộng cả về số lượng và chất lượng so với năm 1997 như doanh số
thanh tốn xuất khẩu tăng 9 lần so cả năm 1997; Mua bán ngoại tệ tăng 4 lần; Doanh số thanh tốn nội địa 305.000 tỷ VNð tăng 6 lần; Hoạt động dịch vụ thẻ ATM được phát triển mạnh: số lượng thẻ ATM đến nay gần 100.000 thẻ, số máy ATM là 57 máy, lắp đặt 250 cà thẻ TDQT; Lợi nhuận đạt 600 tỷ và khắc phục lỗ cao nhất trong năm 1998 với số khắc phục là 487 tỷđồng.
Theo kế hoạch đến năm 2007 hoạt động kinh doanh của SGDII mới cân bằng thu chi và cĩ lãi, nhưng năm 2005 hoạt động kinh doanh của SGDII đã cĩ một bước chuyển biến hết sức khả quan, nhiều chỉ tiêu kinh doanh đạt theo tiến độ và đặc biệt tình hình tài chính đã được cải thiện đáng kể: kết quả kinh doanh đã cĩ lãi 288 tỷ đồng tăng so năm 2004 là 306 tỷ đồng (năm 2004 cịn lỗ 17,8 tỷ đồng); năm 2006 lãi 425 tỷđồng , tăng so năm 2005 là 137 tỷđồng; năm 2007 dự kiến lãi trên 500 tỷ đồng. Như vậy so với kế hoạch đề ra, SGDII đã hồn thành trước 2 năm.
Hiện nay, SGDII cĩ đội ngũ cán bộ trên 450 người, Ban Lãnh đạo là những người cĩ kinh nghiệm lâu năm trong ngành ngân hàng và phần lớn đều cĩ học vị Thạc sỹ, Tiến sỹ. ðội ngũ cán bộ dần được trẻ hố, năng động, sáng tạo và đều cĩ trình độđại học và trên đại học phù hợp với cơng tác.
SGDII cĩ nhiệm vụ tổ chức thực hiện kinh doanh tiền tệ tín dụng và cung cấp các dịch vụ trong hệ thống ngân hàng đến các tổ chức kinh tế, cá nhân, trong và ngồi nước, là ngân hàng cấp vùng với phạm vi hoạt động rộng khắp các tỉnh Phía Nam và Miền Trung.
Qua gần 10 năm hoạt động, SGDII đã nhanh chĩng đầu tư thiết bị kỹ thuật, đào tạo và nâng cao trình độđội ngũ cán bộ, phát triển nghiệp vụ thanh tốn tồn quốc và mở rộng phát triển các dịch vụ trong và ngồi nước, đã thiết lập và đặt mối quan hệđại lý với 700 ngân hàng thuộc 65 nước trên thế giới.
SGDII là chi nhánh đầu tiên được NHCTVN chọn thực hiện thí điểm chương trình hiện đại hĩa ngân hàng ở khu vực phía Nam, cung cấp nhân lực cùng với NHCTVN triển khai chương trình hiện đại hĩa đến các chi nhánh ở phía Nam.
SGDII hoạt động trên cơ sở là phương hướng, nhiệm vụ được giao theo chủ trương của NHCTVN dựa trên phương châm “Phát triển, an tồn và hiệu quả” và
“Sự thành cơng của mỗi khách hàng là sự thành cơng của Sở Giao DịchII- Ngân hàng Cơng thương Việt Nam”.