Ngày 13/07/1987 HĐBT ban hành chỉ thị 218/CT cho phép NHNN chuyển sang hệ thống ngân hàng hai cấp.
Ngày 26/03/1988 HĐBT ra nghị định 53/HĐBT. Theo nghị định này, NHNN Việt Nam là cơ quan của HĐBT được tổ chức theo hệ thống thống nhất trong cả nước gồm hai cấp:
- Cấp 1 là NHNN
- Cấp 2 là các ngân hàng chuyên doanh trực thuộc
Mô hình tổ chức bộ máy hoạt động và chức năng của các ngân hàng quy định như sau:
*NHNN Việt Nam
Là ngân hàng của các ngân hàng, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực tiền tệ, tín dụng và ngân hàng trong nền kinh tế. Trụ sở chính đặt tại Thủ
đô Hà Nội và được lập các chi nhánh trực thuộc theo khu vực, mỗi chi nhánh ở từng khu vực đảm trách nhiệm vụ của mình theo địa bàn đã được quy định. Thời kỳ này, ở TPHCM có chi nhánh NHNN khu vực I.
*Các ngân hàng chuyên doanh:
Thực hiện chức năng kinh doanh của ngân hàng trong lĩnh vực tiền tệ, tín dụng tại TPHCM có:
-Chi nhánh ngân hàng Công thương thành phố bao gồm 13 đơn vị ở quận. -Chi nhánh ngân hàng Nông nghiệp thành phố bao gồm 5 đơn vị ở các huyện ngoại thành.
-Chi nhánh ngân hàng ngoại thương thành phố -Chi nhánh ngân hàng đầu tư phát triển thành phố
Sự đổi mới tạo điều kiện cho các ngân hàng chuyên doanh hoạt động năng động hơn, quan tâm hơn đến các nghiệp vụ tăng cường nguồn vốn, tập trung thu hút tiền mặt…Tỷ lệ huy động vốn tăng dần theo thời gian; Tổng dư nợ năm sau cao hơn năm trước, mặc dù chưa xóa bỏ được nguồn vốn do NHNN hỗ trợ nhưng từng bước đã quen dần với phương thức đi vay để cho vay.
Tổ chức hệ thống ngân hàng hai cấp theo Nghị định 53/HĐBT là hoàn toàn phù hợp với điều kiện chuyển nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung bao cấp sang cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước. Qua thực tế đã bộc lộ một số nhược điểm chưa hoàn thiện trong hoạt động quản lý, kinh doanh về tiền tệ, tín dụng ,… đòi hỏi phải tiếp tục được bổ sung sửa đổi cho hoàn thiện.