Thơng qua hoạt động mua bán, cho thuê, thế chấp và quản lý khai thác bất động sản, thị trường bất động sản TP.HCM bên cạnh những đĩng gĩp tích cực cho kinh tế Thành phố, nĩ cịn bộc lộ nhiều nhược điểm và khuyết tật cần khắc phục :
Thứ nhất, các chính sách thuế của Nhà nước liên quan đến thị trường bất động sản chưa giúp được Thành phố trong cơng tác quản lý, kiểm sốt tất cả các giao dịch bất động sản diễn ra trên địa bàn. Chính vì vậy mà giao dịch bất động sản trên thị trường phi chính thức ngày một phát triển, những giao dịch này khơng thể kiểm sốt được do đĩ gây thất thu thuế cho ngân sách Thành phố.
Thứ hai, các phương pháp tính thuế liên quan đến bất động sản vẫn cịn nhiều điểm bất hợp lý như việc việc áp thuế suất thuế sử dụng đất nơng nghiệp bằng giá thĩc và quy ra thành tiền để thu thuế dẫn đến mỗi địa phương áp mức giá khác nhau tạo ra sự khơng cơng bằng trong nghĩa vụ nộp thuế của người sử dụng đất; thêm nữa, thuế nhà đất lại dựa trên cơ sở thuế nơng nghiệp là khơng phù hợp vì nhà, đất cĩ giá trị gấp nhiều lần so với đất nơng nghiệp, thêm vào đĩ với tốc độ đơ thị hĩa ngày càng nhanh làm cho khả năng sinh lợi của đất ở, nhà ở là rất lớn so với đất nơng nghiệp.
Thứ ba, chính sách về giá đất cũng chưa hợp lý. Theo quy định hiện hành, bảng giá đất do các địa phương ban hành phải sát với giá thị trường trong điều kiện bình thường. Tuy nhiên, bảng giá đất năm 2007 do UBND TP.HCM ban hành khơng phù hợp với thực tế. Giá đất quy định thấp hơn rất nhiều lần so với giá thị trường làm cho người dân cĩ đất bị thu hồi khơng thể tái tạo lại được mãnh đất của mình như trước kia, giá bồi thường đối với đất nơng nghiệp cịn thấp hơn nhiều trong khi những nhà đầu tư bồi thường với giá rất thấp, nhưng với chính mãnh đất đĩ khi đầu tư cơ sở hạ tầng ban đầu và chuyển mục đích sử dụng được bán với giá gấp vài trục lần so với chính mãnh đất nơng nghiệp ban đầu. Chính vì vậy, các vụ khiếu kiện tập thể về chính sách giá đền bù trong thời gian qua ngày càng gia tăng, làm mất lịng tin vào các chính sách của Thành phố của người dân.
Thứ tư, Cơng tác lập và quản lý quy hoạch cịn nhiều yếu kém, chưa đáp ứng được yêu cầu sử dụng hiệu quả nguồn lực đất đai phục vụ cho các mục tiêu phát triển kinh tế – xã hội của Thành phố. Các hoạt động kiểm sốt thị trường bất động sản của Thành phố cịn buơn lỏng dẫn đến hiện tượng xây dựng khơng phép, xuất hiện hiện tượng lừa đảo đất đai… Ngồi ra, Thành phố chưa tạo được quỹ đất tái định cho người cĩ đất bị thu hồi đối với những dự án quan trọng như xây dựng cơ sở hạ tầng, khu chế xuất, khu cơng nghiệp … gây nhiều khĩ khăn về chổ ở của những người dân cĩ đất bị thu hồi và Thành phố cũng chưa cĩ chính sách về nhà ở cho người cĩ thu nhập thấp. Hiện nay, thị trường bất động sản đã và đang cĩ xu hướng giao dịch các bất động sản cĩ giá trị lớn nằm ngồi khả năng của phần lớn dân chúng.