Mặc dù trong những năm 1990 Nhật Bản đã nhiều lần tiến hành cải cách thu chi ngân sách, song, đây vẫn là lĩnh vực khó khăn và gay gắt nhất. Trong khi các nước châu Âu và Mỹ liên tục duy trì những nguyên tắc tài chính ở trung ương và địa phương để cải thiện thu chi ngân sách, Nhật Bản trái lại thâm hụt ngân sáchkhông ngừng tăng. Hai nhân tố chính khiến thâm hụt ngân sách tăng là sử dụng qua mức chính sách tài chính để kích thích phát triển kinh tế và sự cách biệt giữa lợi ích và chi phí.
Về chi tiêu ngân sách: Trong năm tài chính 2001, Nhật Bản vẫn duy trì chính sách tăng chi tiêu để kích thích nền kinh tế. Trong tháng 11/2002, chỉ chưa đến 1 tuần, Chính phủ đã phê chuẩn2 đợt chi ngân sách bổ sung trị giá 5,5 nghìn tỷ Yên cho năm tài chính 2001 kết thúc vào tháng 3/2002.
Trong đó 3 nghìn tỷ Yên được chi cho chương trình việc làm và 2,5 nghìn tỷ Yên được chi cho hỗ trợ tăng trưởng kinh tế. Riêng khoản chi cho chương trình việc làm đã khiến cho tổng giá trị trái phiếu phát hành của Chính phủ đượcphát hành trong năm tài chính 2001 lên tới 30 nghìn tỷ Yên và nợ của Chính phủ sẽ lên đến 666 nghìn tỷ Yên, tương đương với 130% GDP, mức cao nhất trong số các nước phất triển.Tài khoản chi tiêu tổng hợp của Chính phủ cho năm 2001 vào khoảng 83 nghìn tỷ Yên. Trong đó dịch vụ nợ quốc gia chiếm khoảng 17 nghìn tỷ Yên, gần bằng 1/5 tổng số. Trợ cấp thuế cho địa phương cũng xấp xỉ 17 nghìn tỷ Yên. Đây là những khoản chi tiêu không nằm trong chi tiêu chung của Chính phủ. Chi tiêu chung của Chính phủ là 48 nghìn tỷ Yên, chiếm 58,9% tổng tà khoản chi tiêu chung. Trong đó an ninh xã hội, các công việc công cộng, giáo dục và nghiên cứu khoa học chiếm 2/3 chi tiêu chung, còn lại là chi cho quốc phòng và các chi tiêu khác như chi cho những trường hợp khẩn cấp, trợ giúp kinh tế, lương hưu cho nhân viên nhà nước. Chi tiêu ngân sách của Chính phủ năm 2002 ước tính là 47,5 nghìn tỷ Yên và tăng lên 48,1 nghìn tỷ Yên trong năm tài chính 2003.
Về đầu tư công cộng: Những công trình tạo cơ sở cho các hoạt động kinh tế như đường giao thông, hải cảng, nhà cửa, cấp thoát nước, đê đập… cần đầu tư của nhà nước. Lịch sử đầu tư công cộng ở Nhật Bản, nhìn chung so với các nước phương Tây còn cách xa và đi sau một đoạn khá dài, vì vậy trong tương lai vẫn sẽ duy trì một mức đầu tư công cộng cao. Kết quả là một số hạng mục sẽ được đầu tư nhiều hơn trước, trong tình trạng tài chính khó khăn đòi hỏi phải sử dụng vốn đầu tư hiệu quả hơn. Vì vậy, khi phát triển đầu tư công cộngtrong tương lai sẽ phải ưu tiên cho các khu vực sẽ phục vụ nhiều cho phát triển kinh tế của thế kỷ XXI cũng như sự hiệu quả và minh bạch hơn.