Thông t liên Bộ số 14/TTLB ngày 19/9/1994 của Bộ Giáo dục - Đào tạo và Y tế hớng dẫn BHYT tự nguyện cho học sinh là văn bản pháp lý cao nhất đánh dấu sự ra đời của loại hình bảo hiểm này, tạo điều kiện thúc đẩy sự phát triển của công tác BHYT HS-SV. Từ Thông t này chính sách BHYT HS-SV bắt đầu đợc thực hiện trong phạm vi cả nớc.
Căn cứ vào Nghị định 58/CP ngày 13/8/1998 ban hành kèm theo điều lệ BHYT và Nghị quyết 37/CP ngày 20/6/1996 về định hớng chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân. Ngày 18/7/1998 Liên Bộ Giáo dục - Đào tạo và Bộ Y tế đã ban hành Thông t liên Bộ số 40/TTLB hớng dẫn thực hiện BHYT HS-SV.
Ngày 18/6/1999 Bộ trởng Bộ Y tế Đỗ Nguyên Phơng đã có tờ trình số 3980/TTr – BYT lên Chính phủ để báo cáo kết quả đáng khích lệ của việc thực hiện BHYT HS-SV trong những năm qua và đề nghị Phó Thủ tớng Chính phủ Phạm Gia Khiêm xem xét và cho ý kiến chỉ đạo để từ năm học 1999-2000 chỉ cho phép thực hiện một loại hình bảo hiểm trong hệ thống trờng phổ thông các cấp. Bộ Y tế cho rằng để tạo nguồn lực cho chăm sóc sực khoẻ ban đầu, đồng thời tránh tình trạng cạnh tranh trong các trờng học giữa các tổ chức bảo hiểm, cần thiết phải có sự định hớng của Nhà nớc. Để thực hiện mục
tiêu xã hội hoá sự nghiệp chăm sóc bảo vệ sức khoẻ nhân dân, giảm bớt gánh nặng về tài chính cho cha mẹ học sinh, Bộ Y tế đề nghị Bảo hiểm y tế Việt Nam là tổ chức duy nhất thực hiện BHYT HS-SV trong các trờng phổ thông còn BHYT trong các khối học khác thì tuỳ sự lựa chọn của học sinh và nhà trờng.
Ngày 13/7/1999, Bộ Giáo dục - Đào tạo có văn bản số 6436/GDTC đồng ý với ý kiến của Bộ Y tế chỉ cho phép thực hiện một loại hình BHYT HS-SV trong trờng phổ thông và Bảo hiểm y tế Việt Nam là tổ chức duy nhất đảm nhiệm.
Ngày 12/8/1999 Thủ tớng Chính phủ có Thông báo số 3645/VPCP – VX về việc thực hiện BHYT HS-SV nói rõ: “từ năm học 1999- 2000 trở đi Bộ Giáo dục - Đào tạo phối hợp với Bộ Y tế hớng dẫn, tuyên truyền, vận động học sinh trong hệ thống trờng phổ thông các cấp tham gia BHYT HS-SV do Bảo hiểm y tế Việt Nam thực hiện”. Tuy nhiên, Bộ Tài chính là cơ quan chủ quản của Tổng công ty bảo hiểm Việt Nam, có công văn không đồng ý với ý kiến trên gửi lên Thủ tớng Chính phủ nên việc thực hiện BHYT HS-SV vẫn đợc thực hiện theo Thông t 40/1998/TTLT – BGD ĐT – BYT.
Ngày 01/3/2000 Liên Bộ Giáo dục - Đào tạo – Bộ Y tế ban hành Thông t liên tịch số 03/2000/TTLT – BGD&ĐT – BYT hớng dẫn thực hiện công tác y tế trờng học. Thông t nêu rõ rằng:“ sức khoẻ tốt là một mục thiêu quan trọng
bảo vệ và giáo dục sức khoẻ cho thế hệ trẻ ở các trờng học là mối quan tâm lớn của Đảng, Nhà nớc, của mỗi gia đình và toàn xã hội. Bộ Y tế, Bộ Giáo dục và Đào tạo phối hợp chỉ đạo BHYT HS-SV trong đó ngành Giáo dục - Đào tạo phối hợp với cơ quan BHYT cùng cấp tuyên truyền vận động để có nhiều học sinh -