Ưu đãi thuế cho TTCK là chính sách quan trọng vì nó liên quan trực tiếp đến lợi ích của các công ty chứng khoán. Hiện nay ngoài việc hởng u đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp trong hai năm hoạt động, các công ty chứng khoán còn đợc giảm 50% số thuế doanh nghiệp trong hai năm tiếp theo. Tuy nhiên, quy định u đãi thuế nh vậy đối với các công ty chứng khoán vẫn cha thoả đáng do các công ty này mới đi vào hoạt động, doanh số cha nhiều, TTCK cha sôi động, cha phát triển nên hiệu quả hoạt động còn thấp. Chắc chắn các công ty chứng khoán đều bị lôc trong những năm đầu hoạt động. Do vậy, hết thời hạn đợc giảm thuế nh trên các công ty chứng khoán sẽ gặp nhiều khó khăn khi tính đến hiệu quả kinh doanh.
Chính vì thế cần phải có chính sách u đãi hơn nữa cho các công ty chứng khoán mới có thể khuyến khích sự tham gia tích cực của các tổ chức kinh tế trong và ngoài nớc vào TTCK. Cụ thể, mức u đãi trong thời gian tới nên là miễn thuế cho 5 năm đầu hoạt động và giảm thuế còn 50% trong 3 hoặc 5 năm tiếp theo.
Đối với thuế giá trị gia tăng, mặc dù Bộ tài chính đã cam kết sẽ chính thức đa hoạt động kinh doanh chứng khoán vào diện không chịu thuế VAT đợc ghi tại điều 4 luật thuế này, nhng các công ty chứng khoán đã không mấy hứng khởi vì việc đa vào diện không chịu thuế VAT đồng nghĩa với việc sẽ không đợc khấu trừ thuế đầu vào đối với các chi phí bỏ ra trong hoạt động kinh doanh chứng khoán. Cho nên, các công ty chứng khoán nên đợc áp dụng thuế suất VAT đối với hoạt động kinh doanh chứng khoán là 0%. Với thuế suất này, các công ty sẽ đợc hoàn thuế đầu vào đối với các chi phí bỏ ra và đây chính là điều mà không chỉ IBS mà các công ty chứng khoán khác đều mong đợi.