Trong giai đoạn thực hiện kiểm toán, công việc kiểm soát chủ yếu được thực hiện bởi nhóm trưởng đối với các thành viên trong đoàn kiểm toán thông qua giấy tờ làm việc của họ cũng như thái độ và tiến độ làm việc; và của KTV điều hành đối với nhóm kiểm toán thông qua kế hoạch kiểm toán tổng quát. Phương thức KSCLKT trong giai đoạn này thực hiện dưới hình thức:
Hướng dẫn: đảm bảo các trợ lí kiểm toán được hướng dẫn một cách cụ thể về công việc được giao; hoặc đoàn kiểm toán được giải thích chi tiết về các vấn đề phát sinh bởi KTV điều hành hoặc ban giám đốc.
Giám sát: trưởng nhóm đảm bảo các thành viên thực hiện đúng công việc được giao; KTV điều hành và BGĐ đảm bảo cuộc kiểm toán được thực hiện theo đúng kế hoạch đề ra và tuân thủ các chuẩn mực và quy định hành nghề.
Soát xét lại: đảm bảo các thành viên thực hiện tốt công việc, bằng chứng thu thập được là đầy đủ để đưa ra ý kiến kiểm toán
Trong quá trình thực hiện kiểm toán BCTC của công ty ABC, sự kiểm soát của nhóm trưởng và của KTV điều hành thể hiện ở một số tình huống cụ thể sau:
Khi xem xét bảng tổng hợp công nợ phải thu khách hàng, anh Hiếu- nhóm trưởng nhận thấy có hai đối tượng có số dư nợ lớn và rất lâu và có xu hướng tăng lên, cụ thể:
Tên công ty SD 1/1/2005 SD 31/12/2005 Công ty XY 1.818.568.168 2.427.551.319 Công ty MN 2.818.839.733 2.453.246.153
Mặc khác, anh Hiếu cũng thu thập được công văn số 33/XD ngày 27/4/2005 của BGĐ công ty ABC về việc chỉ đạo phòng TCKT và phòng KD tích cực thu hồi công nợ từ hai đối tượng trên và nếu tiếp tục bán hàng phải có ý kiến chỉ đạo của giám đốc công ty. Khi anh Hiếu yêu cầu được cung cấp các văn bản có liên quan đến việc tiếp tục bán hàng cho các đối tượng trên thì kế toán giải thích là không có. Trước tình hình đó, anh Hiếu nhắc nhở anh Đức- KTV thực hiện kiểm toán phần hành doanh thu, phải kiểm tra chi tiết việc bán hành và thanh toán trong năm 2005 của hai khách hàng trên. Bên cạnh đó, khi xem xét một hợp đồng mua bán anh Hiếu nhận thấy có điều khoản phạt nếu chậm trả tiền hàng theo thời hạn ghi trên hợp đồng. Vì vậy, anh lưu ý chị Ngọc, thực hiện kiểm toán TK 515- doanh thu HĐTC, kiểm tra có khoản thu lãi quá hạn với hai khách hàng trên không và một số khách hàng có số dư công nợ lớn khác.
Do hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh xăng dầu nên hoạt động kinh doanh của ABC mang nhiều nét đặc thù. Gía bán xăng dầu do quy định của nhà nước. Thực tế, trong năm 2005, nhà nước đã có bốn lần điều chỉnh giá: ba lần tăng giá và một lần giảm giá. Bên cạnh hoạt động bán hàng cho các đơn vị có nhu cầu, ABC cũng thực hiện bán hàng cho nhà nước làm nguồn dự trữ quốc gia. Vì thế, anh Hiếu rất lưu ý anh Đức, thực hiện kiểm toán phần hành doanh thu, phải kiểm tra giá bán trong năm sau các lần thay đổi giá. Đồng thời, anh Đức cần chú ý xem xét doanh thu bán hàng dự trữ quốc gia.
Phần hành vốn bằng tiền được giao cho anh Quang- trợ lý kiểm toán thực hiện trong hai ngày. Sau, đó, giấy tờ làm việc của anh Quang được chuyển về cho anh Hiếu soát xét. Khi xem xét giấy tờ làm việc của anh Quang, anh Hiếu nhận
thấy việc sắp xếp giấy tờ làm việc logic, các kí hiệu tham chiếu đầy đủ, được giải thích rõ ràng, nhưng một số thủ tục cần thiết chưa đươc thực hiện. Ví dụ, chưa đánh giá lại số dư tiền mặt và tiền gửi ngân hàng bằng ngoại tệ theo tỉ giá bình quân liên ngân hàng tại thời điểm 31/12/2005; thủ tục kiểm tra cut-off chưa được thực hiện; hoặc anh Quang kết luận: “ Có trường hợp số dư cuối ngày trên sổ quỹ của đơn vị âm” nhưng chưa thấy có bằng chứng cho nhận xét này. Để đảm bảo chất lượng của cuộc kiểm toán, anh Hiếu yêu cầu anh Quang thực hiện bổ sung thủ tục đánh giá ngoại tệ, kiểm tra cut-off và photo trang sổ quỹ có số dư cuối ngày âm.
Qúa trình hướng dẫn, giám sát và soát xét trên không thể hiện trên các giấy tờ làm việc của nhóm kiểm toán. Đây chỉ là hoạt động tác nghiệp linh hoạt của các KTV nhằm đưa ra một sản phẩm có chất lượng cao là BCKT.