Bên cạnh những ưu điểm về công tác kế toán nói chung, công tác kế toán doanh thu, chi phí và xác định kết quả kinh doanh nói riêng thì Công ty còn một số mặt hạn chế nhất định như:
Sổ sách kế toán
Công ty có nhiều hình thức bán hàng (bán buôn, bán lẻ) nhưng kế toán không theo dõi chi tiết từng mặt hàng theo từng phương thức xuất bán mà chỉ theo dõi chi tiết từng mặt hàng theo các phương thức trên cùng một sổ chi tiết. Điều này rất dễ gây nhầm lẫn trong quá trình theo dõi doanh thu, việc hạch toán không chính xác kết quả bán hàng và không đáp ứng được yêu cầu thông tin của lãnh đạo.
Xác định mức hao hụt hàng hoá
Xăng dầu là một mặt hàng dễ bay hơi và chịu tác động của yếu tố thời tiết cũng như phương tiện kỹ thuật nhưng trong quá trình hạch toán xăng dầu kế toán không xác định số lượng hao hụt. Điều này dễ làm thu nhập của Công ty giảm mà không xác định được nguyên nhân.
Công tác kế toán doanh thu
Công ty chưa có các chính sách ưu đãi, thu hút khách hàng như: chiết khấu thương mại, giảm giá hàng bán, ... Công tác bán hàng của Công ty chưa tốt, chưa thu hút được nhiều khách hàng.
Áp dụng kế toán máy
Trong điều kiện kinh tế thị trường, tình trạng sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp luôn biến động về quy mô, ngành nghề sản xuất kinh doanh, cách thức quản lý, cách thức kinh doanh, .... Hơn nữa nhu cầu quản lý Nhà nước về tài chính kế toán, thuế, Ngân hàng, thị trường chứng khoán, ... cũng như yêu cầu quản lý kinh doanh của doanh nghiệp đòi hỏi cần có phần mềm kế toán mới đáp ứng tốt hơn và nâng cao chất lượng thông tin được cung cấp. Do vậy, Công ty nên áp dụng máy vi tính vào công tác hạch toán kế toán.