Cùng với sự phát triển của SHPT, Công nghệ thông tin đã phát triển mạnh mẽ và đợc ứng dụng vào nhiều lĩnh vực trong đó có sinh học phân tử. Có nhiều hệ thống phần mềm khác nhau nh ‘NTSYSpc’ dùng để vẽ cây phân loại các loài nhờ xử lý các số liệu của kỹ thuật RADP, ‘Vector NTI’ dùng để vẽ sơ đồ các plasmide, ‘CP/gene’ dùng phân tích trình tự nucleotide và protein. Nhng tiện dụng nhất là hệ thống phần mềm ‘DNAstar’ của một nhóm các nhà khoa học Mỹ. Phần mềm này
bao gồm nhiều chơng trình với các chức năng khác nhau dùng để phân tích và xử lý các số liệu trong sinh học phân tử. Đó là:
- Editseq (Peter Rahaim, công ty Omni Gene) là chơng trình phân tích, xử lý trình tự nucleotid và axit amin. Nó có thể nhận biết và xử lý rất nhiều dạng số liệu (file) của các chơng trình khác nhau nh Text, GeneBank, FASTA, Macvector, GeneMan...Editseq đa ra các số liệu về DNA và protein. Nó còn có nhiều chức năng khác nh: bổ sung, đảo ngợc sợi DNA khuôn; dịch mã từ trình tự nucleotide sang trình tự axit amin và ngợc lại.
- MapDraw (Mark Corchan, Syntro Research): dùng để lập bản đồ enzim cắt giới hạn. Chỉ cần chọn trình tự DNA đa vào (sợi đơn hoặc kép, ở dạng thẳng hoặc vòng), chong trình này sẽ xử lý và cho kết quả về vị trí cắt cùng các thông số của các enzim giới hạn; 6 trình tự axit amin của protein đựoc mã hoá từ các khung đọc khác nhau. Điều này giúp dễ dàng chọn đợc các enzim giới hạn thích hợp cho sự nhân dòng gen, kiểm tra trình tự các đoạn gen đợc nhân và biết đợc trình tự axit amin đúng của protein đợc mã hoá.
- Protean (Harry Mangalam, Đại học California-Irvine): là phần mềm để phân tích cấu trúc của protein. Nó có thể dự đoán về cấu trúc bậc 2, sự thay đổi về cấu trúc và các tính chất hoá lý của protein; giúp xác định vùng kháng nguyên; dự đoán kiểu phân cắt của protein; xác định những đột biến ảnh hởng lên tính chất của chuỗi peptid.
- Megalign (William Gilbert, Viện Whitehead): sử dụng 6 phơng pháp khác nhau (nh Jotun Hein, Clustal...) để so sánh sự giống và khác nhau của các trình tự nucleotid và các acid amin. Các trình tự nucleotid hoặc acid amin đợc đa vào phân tích và máy tính sẽ đa ra kết quả về mức độ tơng đồng của các trình tự này dới dạng cây phân loại hoặc bảng số.
- Genequest (Keith Joho, Công ty Sugen): dùng để xác định vị trí khởi đầu và kết thúc dịch mã; dự đoán vùng mã hoá protein, vùng intron và exon. Chơng trình này còn xác định các trình tự lặp lại trực tiếp hoặc lặp lại đảo ngợc; tìm kiếm vị trí của các nhân tố sao mã; dự đoán cấu trúc vòng của RNA và DNA.
- PrimerSelect ( Trevor Jowett, Đại học Newcastle Upon Tyne): dùng cho việc thiết kế và phân tích các đoạn oligonucleotid bao gồm những đoạn mồi sử dụng cho PCR, những trình tự đoạn dò (probe) cho lai ghép nhờ sử dụng sợi khuôn là DNA, RNA hoặc trình tự protein đã đợc dịch mã ngợc. Chơng trình này đa ra chi tiết tính chất nhiệt động của đoạn mồi cho phản ứng kết cặp; đa ra danh sách các đoạn mồi tối u cùng vị trí kết cặp với sợi khuôn của đoạn mồi và kích thớc các đoạn sản phẩm PCR. Nó còn cho biết khung dịch mã, vị trí các enzim cắt cũng nh sự tạo xoắn (hairpin) và tự kết cặp (primer-dimer) của những đoạn mồi.