Một thơng vụ nhập khẩu đợc thực hiện với sự phối hợp chặt chẽ giữa Phòng Kinh doanh và Phòng Kế toán. Phòng Kinh doanh đảm nhận các nhiệm vụ mang tính chất ngoại thơng còn Phòng Kế toán theo dõi và hạch toán các nghiệp vụ kinh tế phát sinh từ khi mua hàng nhập kho đến khi bán hàng và xác định kết quả kinh doanh.
Để bắt đầu một thơng vụ nhập khẩu, trớc tiên Phòng Kinh doanh tiến hành đàm phán với các đối tác nớc ngoài về mặt hàng, giá cả và các thoả thuận khác về phơng thức nhận hàng, thời gian nhận hàng,... để lập phơng án kinh doanh trình Giám đốc Công ty xem xét và ký duyệt.
Sau khi đợc Giám đốc Công ty ký duyệt phơng án kinh doanh, Giám đốc thay mặt Công ty ký kết hợp đồng với các đối tác nớc ngoài.
Tuỳ theo điều kiện cụ thể, hình thức ký kết hợp đồng trong Công ty khác nhau theo từng hợp đồng, có thể hợp đồng đợc ký qua Fax hoặc ký trực tiếp giữa các bên. Thông thờng, hợp đồng đợc ký qua điện tín, qua Fax, tức là Công ty hoặc bên có liên quan gửi cho nhau bản hợp đồng do mình soạn thảo và bên còn lại có thể ký vào hợp đồng nếu đồng ý. Khi hợp đồng nhập khẩu đã đợc ký kết, phòng Nghiệp vụ phải chuyển bản hợp đồng chính kèm với đơn xin mở L/C cho kế toán ngân hàng làm thủ tục mở L/C. Khi ngân hàng chấp nhận đơn xin mở L/C, kế toán ghi sổ theo dõi L/C nhập khẩu theo biểu sau:
Sau khi mở L/C tại ngân hàng, Công ty phải nộp phí mở L/C cho ngân hàng mà Công ty xin mở L/C, khoản chi phí này đợc tính vào chi phí bán hàng (TK641). Khi nhận đợc bộ chứng từ do phía bạn hàng nớc ngoài chuyển đến qua ngân hàng, kế toán kiểm tra lại nếu thấy phù hợp với nội dung của L/C và hợp đồng đã ký thì lập lệnh thanh toán gửi đến ngân hàng để ngân hàng tiến hành trả tiền cho bên bán.
Khi nhận đợc giấy báo Nợ của ngân hàng về việc chuyển tiền cho bên bán, kế toán tiến hành định khoản và vào sổ để theo dõi tình hình thu chi tiền gửi ngân hàng. Tiếp đó kế toán phụ trách chuyển số liệu cho kế toán tổng hợp. Khi nhận đợc thông báo hàng đã về đến cảng, bộ phận nghiệp vụ của Công ty có trách nhiệm tiếp nhận hàng hoá.
Sau khi làm thủ tục hải quan, kê khai hàng hoá nhập khẩu, căn cứ vào giấy thông báo thuế của hải quan, kế toán phản ánh số thuế nhập khẩu và thuế GTGT hàng nhập khẩu phải nộp trong kỳ. Số thuế nhập khẩu đợc tính vào giá trị của hàng nhập khẩu, số thuế giá trị gia tăng đợc tính riêng và đợc khấu trừ. Các chứng từ và số liệu liên quan đến nghiệp vụ đợc kế toán phụ trách kiểm tra và chuyển cho kế toán tổng hợp để nhập số liệu vào máy tính.
Hàng hoá sau khi tiếp nhận từ ngời vận tải sẽ đợc chuyển về kho của Công ty để nhập kho hoặc chuyển bán thẳng. Trớc khi nhập kho, công ty thành lập Hội đồng kiểm nhận tiến hành kiểm nhận số hàng nhập về, Hội đồng kiểm nhận lập biên bản, xác định số lợng, phẩm chất, bao bì,... của số hàng nhận về. Trên cơ sở biên bản kiểm nhận, hoá đơn của bên bán, biên lai thuế nhập khẩu, kế toán kho tiến hành lập Phiếu nhập kho. Hàng hoá sau khi đã về đợc nhập kho của Công ty hoặc đợc bán thẳng sẽ kết thúc một thơng vụ nhập khẩu.