Do hình thức kế toán áp dụng ở công ty là sử dụng phần mền kế toán nên phần lớn hệ thống sổ kế toán và báo cáo kế toán của công ty được lập bằng máy vi tính. Do đó chất lượng của sổ kế toán và báo cáo kế toán phụ thuộc phần nhiều vào phần mềm kế toán mà công ty đang sử dụng.
Như ta đã biết việc ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác kế toán là một trong những ưu điểm của công ty nhưng thực tế cho thấy rằng: phần mềm kế toán công ty sử dụng là phần mềm kế toán Cic Accounting của Tổng công ty VINACONEX đặt hàng để phục vụ cho tất cả các thành viên của Tổng công ty nên phần mềm kế toán có nhiều điểm không phù hợp với công ty. Do vậy có một số công tác kế toán phải thực hiện thủ công, kế toán phải tự tính toán các dữ liệu như công tác tính giá thành sản phẩm, sau đó mới nhập các dữ liệu tính được vào máy tính.
Thêm vào đó, với việc ban hành nhiều sửa đổi, nhiều quy định trong công tác kế toán, việc sử dụng phần mềm kế toán không thể đáp ứng và phản ánh ngay nội dung những văn bản mới ban hành như kế toán thủ công được, do đó cần phải có thêm một khoảng thời gian để lập trình lại phần mềm cho phù hợp với các quy định mới.
Ngoài ra việc sử dụng phần mềm kế toán cũng yêu cầu người sử dụng phải cẩn thận trong việc lưu trữ và bảo mật vì tất cả dữ liệu kế toán đều được lưu trữ vào máy, nếu bị nhiễm virut thông tin có thể bị lệch lạc, không chính xác hoặc có thể mất dữ liệu nên công ty cần phải sao lưu dữ liệu kế toán một cách cẩn thận.