Khi tổn thất xảy ra, ngoài việc sử dụng nguồn dự phòng đã trích và hạch toán vào chi phí, các ngân hàng còn có thể sử dụng quỹ dự phòng tài chính để bù đắp những thiệt hại xảy ra. Quỹ dự phòng tài chính cũng là một nguồn dự trữ tài chính để đảm bảo an toàn cho hoạt động của NHTM. Việc trích lập và sử dụng nguồn quỹ này có những đặc trng khác với dự phòng rủi ro.
Theo Nghị định 166/1999/NĐ- CP của Chính phủ ngày 19/11/1999 về chế độ tài chính đối với các tổ chức tín dụng thì các tổ chức tín dụng phải trích lập quỹ dự phòng tài chính từ phần lợi nhuận sau thuế còn lại trớc quỹ dự phòng tài chính:
Lợi nhuận còn lại trớc quỹ dự phòng tài chính = Lợi nhuận sau thuế – ( Quỹ dự trữ bổ sung vốn điều lệ 5% + Bù đắp lỗ năm trớc + Nộp tiền thu về sử dụng vốn ngân sách + Nộp tiền vi phạm pháp luật)
Quỹ dự phòng tài chính = Lợi nhuận còn lại trớc quỹ dự phòng tài chính x10%
Quỹ dự phòng tài chính thờng đợc lập hàng năm, cuối kỳ báo cáo sau khi đã xác định đợc kết quả hoạt động kinh doanh, xác định đợc lợi nhuận của ngân hàng. Khác với dự phòng rủi ro, nguồn để trích lập quỹ dự phòng tài chính xuất phát từ chính kết quả hoạt động kinh doanh của ngân hàng. Có nghĩa là, ngân hàng chỉ lập quỹ này khi ngân hàng thực sự hoạt động có lợi nhuận, quỹ không thể lập từ nguồn tài chính không có thực. Ngân hàng cũng không thể trích lập quỹ bao nhiêu tuỳ thích mà số d của quỹ bị giới hạn không đợc vợt quá 25% vốn điều lệ của ngân hàng.
Quỹ dự phòng tài chính đợc dùng để bù đắp phần còn lại của những tổn thất, thiệt hại về tài sản xảy ra trong quá trình kinh doanh sau khi đã đợc bù đắp bằng tiền bồi thờng của các tổ chức, cá nhân gây ra tổn thất; của tổ chức
bảo hiểm xã hội và sử dụng dự phòng trích lập trong chi phí. Nh vậy, quỹ dự phòng tài chính có thể coi nh là biện pháp cuối cùng để bù đắp rủi ro, bảo đảm an toàn vốn cho hoạt động ngân hàng trong trờng hợp tổn thất thực tế vợt quá khả năng của các nguồn bù đắp khác.