Vị trí lấy mẫu phụ thuộc vào mục đích nghiên cứu. Thời gian và tần suất lấy mẫu phụ thuộc vào mức độ biến động của các chất, cĩ thể theo các thời gian trong ngày. Trong ngày nắng, pH của nước cĩ thể tăng, đặc biệt là nước cĩ khả năng đệm thấp do khả năng trao đổi CO2 của thực vật thủy sinh và nồng độ photpho cĩ thể sẽ bị giảm đi.
Lượng nước cần lấy tối thiểu để đảm bảo cho các phép phân tích, thường 1 - 2 lít. Dụng cụđựng mẫu phải được làm sạch bằng các biện pháp cần thiết như rửa bằng các chất tẩy rửa hoặc dung dịch axít. Đối với phân tích vi sinh vật thì dụng cụ đựng mẫu cần phải được vơ trùng. Ngồi ra vật liệu làm bình chứa mẫu phải trơ về mặt hĩa học và khơng cĩ khả năng hấp thu các chất cĩ trong mẫu nước.
Khi lấy mẫu đối với nguồn nước chảy như sơng, suối,...thì nên lấy mẫu ở chỗ nước chảy mạnh nhất.
Mẫu lấy ở các hồ thiên nhiên, hồ chứa, các ao, đầm,... thì nên lấy mẫu ở các vị trí và độ sâu khác nhau. Khơng nên lấy mẫu trung bình đối với loại mẫu này.
Mẫu lấy từ các mạch, các loại giếng, các bể hồ chứa nước nhân tạo thì nên lấy ở những độ sâu cần thiết.
Mẫu nước mưa phải lấy vào lúc trời mưa và ghi rõ thời điểm lấy mẫu.
Mẫu từ các trạm và các vịi nước sinh hoạt thơng thường được lấy trực tiếp tại các ống dẫn nước ra.
Mẫu nước thải nên lấy trung bình, trước khi lấy mẫu cần nghiên cứu kỹ yêu cầu, mục đích sử dụng nước và các điều kiện sinh hoạt khác.