Bên cạnh những ưu điểm và thành quả đạt được trong hạch toán kế toán chi phí và tính giá thành sản phẩm thì còn nhiều hạn chế cần khắc phục.
Công tác kế toán quản trị chi phí sản xuất, phân tích giá thành cho từng đơn vị chưa chỉ ra được các yếu tố làm tăng giá thành, chủ yếu mới tổng hợp chi phí đơn vị nhận từ Công ty hoặc mua về để thanh toán. Trên thực tế đưa ra dùng còn thừa, thiếu,…yếu tố làm tăng chi phí chưa phân tích kỹ, nguyên nhân là chưa được phân tích, chưa lập ra đội phân tích các yếu tố chi phí ở các đơn vị.
Trong cách hạch toán chi phí nguyên vật liệu chưa chi tiết cụ thể, đang hạch toán chi phí nguyên vật liệu chính và nguyên vật liệu phụ vào một tài khoản 6214, cần phải chi tiết nguyên vật liệu chính là TK 62141, nguyên vật liệu phụ là TK 62142. Có tách ra như
thế thì trong công tác phân tích yếu tố làm tăng giá thành là do nguyên nhân ở đâu, do chi phí nào mà giá thành vẫn còn cao để từ đó quản lý chặt chẽ loại chi phí đó.
Hiện tại Công ty hạch toán chi phí nguyên vật liệu trực tiếp: Nợ TK 6214 – Chi tiết từng phân xưởng
Có TK 1521, 1522 – Chi tiết loại vật liệu
Ta thấy như thế sẽ gặp khó khăn khi phân tích yếu tố chi phí của nguyên vật liệu chính và nguyên vật liệu phụ, khó xác định trong tổng chi phí nguyên vật liệu gồm bao nhiêu phần trăm chi phí nguyên vật liệu chính, bao nhiêu phần trăm nguyên vật liệu phụ.
Sử dụng phần mềm kế toán đã giảm bớt khối lượng công việc, nhưng mới chỉ đáp ứng được các Báo cáo tài chính, chưa có chức năng quản trị.