Do đặc điểm kinh doanh của ngành kinh doanh vận tải, không có sản phẩm hữu hình, sản phẩm của ngành là tấn hàng vận chuyển và tấn km luân chuyển. Từ khi đất nớc chuyển sang cơ chế thị trờng có sự cạnh tranh của nhiều thành phần kinh tế. Các loại hình vận tải đa dạng và phong phú, cơ chế quản lý thông thoáng hơn. Do đó thị trờng vận tải của ngành vận tải nói chung và của Công ty nói riêng bị thu hẹp. Đứng trớc tình hình đó, Công ty đã thực hiện cơ chế đổi mới trong công tác quản lý, tạo điều kiện cho ngời lao động phát huy khả năng của mình đó là áp dụng hình thức khoán doanh
thu đến các đơn vị, đến từng ngời lao động. Các đơn vị tự khai thác, tổ chức sản xuất kinh doanh theo kế hoạch của Công ty, hàng tháng nộp khoán và quyết toán với Công ty theo định mức qui định chung. Công ty giao khoán cho các đơn vị sản xuất khoản trích nộp khấu hao tài sản cố định, doanh số, chi phí quản lý, tỷ lệ lợi nhuận, tiền lơng bình quân công nhân, mua vật t, thực hiện cung cấp các lao vụ, dịch vụ giữa các đơn vị. Các đơn vị tự hạch toán chi phí sản xuất có sự giám sát của các phòng nghiệp vụ. Các xí nghiệp thành viên đợc chủ động tìm hợp đồng, với sự giúp đỡ và định hớng của Công ty. Phòng thống kê kế toán quản lý và thực hiện các nghiệp vụ thu - chi tài chính toàn Công ty.
Công ty định hớng kinh doanh, đầu t xây dựng cơ bản, đầu t thiết bị, ký kết các hợp đồng lớn, giao kế hoạch sản xuất kinh doanh, các chỉ tiêu tài chính.
Các xí nghiệp đều có Giám đốc xí nghiệp, phó giám đốc và các đội tr- ởng. Mọi thu chi ở Xí nghiệp đều do nhân viên kinh tế tổng hợp và thanh toán.
Gắn liền với các Trạm, xí nghiệp là các phòng ban chức năng, đặc biệt là phòng kế toán. Với t cách là một công cụ quản lý hoạt động của bộ máy kế toán, Công ty luôn cố gắng bám sát quá trình kinh doanh, đảm bảo cung cấp thông tin đầy đủ, kịp thời, chính xách phục vụ cho công tác quản lý và chỉ đạo kinh doanh.