Khác với trước đây là một doanh nghiệp nhà nước ,từ tháng 5/2000,công ty cổ phần thuốc thú y TWI đã chính thức thực hịên cổ phần hoá theo chủ trương của nhà nước .Do vậy ,phương thức tổ chức quản lý của công ty đã chuyển từ tính chất mang màu sắc tập trung vào một vài cá nhân lãnh đạo và chịu sự chi phối của cấp trên sang tính chất được tự quyết ,lãnh đạo và kiểm soát của một tập thể những người đóng góp cổ phần. Để thực hiện tốt nhiệm vụ của mình
đồng thời tạo ra một cơ cấu năng động ,linh hoạt phù hợp với sư biến động của thị trường và với nhu cầu phát triển cua mình ,Công ty cổ phần thuốc thú y TWI đã tổ chức cho minh một bộ máy tương đối gọn nhẹ , đảm bảo phuc vụ tốt yêu cầu quản lý và đem lại hiệu quả kinh tế cao nhất. Tổ chức bộ máy quản lý của công ty được thực hiện theo phương thức ra quyết định từ trên xuống .Chức năng cao nhất là hội đồng quản trị , đến ban giám đốc rồi đến các phòng ban.
Tổ chức cao nhất của Công ty là đại hội cổ đông(ĐHCĐ) thường niên , ĐHCĐ họp mỗi năm một lần bầu ra HĐQT và Ban kiểm soát ,thông qua báo cáo của HĐQT ,công tác kế toán của công ty và phân phối lợi nhuận cho các thành viên.
Ban kiểm soát : Là bộ phận thay mặt cổ đông để kiểm soát mọi hoạt động quản trị và điều hành của HĐQT và ban giám đốc ,việc chấp hành điều lệ công ty trong quá trình sản xuất kinh doanh. Sơ đồ tổ chức bộ máy quản lý của công ty (Sơ đồ 1)