Mặc dù khá thành công trong năm tài chính 2008, hoạt động TTQT của NHNo&PTNT Chi nhánh Hoàn Kiếm còn bộc lộ một số tồn tại. Đó là:
do đó mặc dù đã có sự tiến bộ vợt bậc so với kết quả hoạt động của năm 2007 song nhìn chung kết quả đạt đợc là cha cao, cha xứng đáng với tầm vóc và địa bàn hoạt động của Chi nhánh. Thể hiện ở các mặt:
-Cơ cấu thanh toán quốc tế phân theo hàng hoá: còn mất cân đối giữa doanh số thanh toán hàng nhập khẩu với doanh số thanh toán hàng xuất khẩu. Sự mất cân đối này gây ra tình trạng mất cân đối ngoại tệ.Vì vậy việc hỗ trợ phát triển tín dụng và nguồn vốn sẽ bị hạn chế.
-Về cơ sở vật chất phục vụ hoạt động TTQT: mặc dù đã có những ứng dụng công nghệ hiện đại trong hoạt động TTQT nhng các chơng trình phục vụ cho hoạt động TTQT còn hạn chế. Chi nhánh mới chỉ xây dựng đợc mạng vi tính trong nội bộ ngân hàng mà cha xây dựng đợc cho mình một Website riêng giới thiệu với khách hàng về các sản phẩm dịch vụ, hoạt động của chi nhánh, … do đó hiệu quả trong việc quảng bá, cung cấp các thông tin về Chi nhánh là cha cao.
-Về đội ngũ cán bộ nghiệp vụ: tại phòng Thanh toán quốc tế và kinh doanh ngoại tệ của Chi nhánh hiện nay có 7 cán bộ mặc dù đã đợc quan tâm đào tạo và sự nỗ lực trong công việc song cha thật sự hiệu quả và thiết thực. Do đội ngũ cán bộ đa số là cán bộ trẻ cha có nhiều kinh nghiệm thực tế mới chỉ có kiến thức chủ yếu đợc học ở trờng đại học nên chỉ đáp ứng đợc các giao dịch bình thờng khi không có tranh chấp lớn xảy ra với ngân hàng nớc ngoài. Vì vậy cũng ảnh hởng đến lĩnh vực thu hút khách hàng của chi nhánh.