Thaựng 8/2002, Quoỏc hoọi ủaừ quyeỏt ủũnh thaứnh laọp Boọ TN&MT vaứ ngaứy 11/11/2002, Chớnh phuỷ ủaừ ban haứnh Nghũ ủũnh soỏ 91/2002/Nẹ-CP quy ủũnh chửực naờng, nhieọm vú, quyền hán vaứ cụ caỏu toồ chửực cuỷa Boọ TN&MT. Theo ủoự, Boọ coự chửực naờng, nhieọm vú quaỷn lyự Nhaứ nửụực ủoỏi vụựi taứi nguyẽn vaứ mõi trửụứng trong 6 lúnh vửùc: taứi nguyẽn ủaỏt, taứi nguyẽn nửụực, taứi nguyẽn khoaựng saỷn, mõi trửụứng, khớ tửụùng thuỷy vaờn, ủo ủác vaứ baỷn ủồ. Vieọc giao chửực naờng quaỷn lyự taứi nguyẽn nửụực tửứ Boọ NN&PTNT sang Boọ TN&MT ủaừ taựch quaỷn lyự Nhaứ nửụực về taứi nguyẽn nửụực ra khoỷi quaỷn lyự theo múc ủớch sửỷ dúng.
Trong thụứi gian qua, Boọ TN&MT ủaừ ủaồy mánh vieọc xãy dửùng, hoaứn thieọn theồ cheỏ về quaỷn lyự taứi nguyẽn nửụực, trỡnh Chớnh phuỷ ban haứnh nhiều Nghũ ủũnh hửụựng daĩn thi haứnh Luaọt Taứi nguyẽn nửụực trỡnh Thuỷ tửụựng Chớnh phuỷ quyeỏt
ủũnh phẽ duyeọt Chieỏn lửụùc Taứi nguyẽn nửụực quoỏc gia ủeỏn naờm 2020; xuực tieỏn xãy dửùng quy hoách moọt soỏ lửu vửùc sõng qua ủoự taờng cửụứng ủaựng keồ cõng taực quaỷn lyự taứi nguyẽn nửụực. Tuy nhiẽn, vieọc quy ủũnh quaỷn lyự lửu vửùc sõng coứn coự sửù chồng cheựo, theồ hieọn ụỷ choĩ Nghũ ủũnh 91/2003/Nẹ-CP giao Boọ TN&MT quaỷn lyự nhaứ nửụực taứi nguyẽn nửụực coứn Nghũ ủũnh 86/2004/Nẹ-CP lái giao Boọ NN&PTNT quaỷn lyự vaọt theồ chửựa nửụực (lửu vửùc sõng), gãy khoự khaờn cho vieọc quaỷn lyự thoỏng nhaỏt taứi nguyẽn nửụực.
Tuy nhiẽn, caực quyeỏt ủũnh gần ủãy cuỷa Thuỷ tửụựng Chớnh phuỷ ủaừ phãn ủũnh roừ vai troứ cuỷa caực cụ quan liẽn quan trong moọt soỏ cõng vieọc cú theồ. Chaỳng hán nhử tái Quyeỏt ủũnh soỏ 123/2006/Qẹ-TTg ngaứy 03/6/2006, Thuỷ tửụựng Chớnh phuỷ ủaừ giao Boọ TN&MT chửực naờng laọp quy hoách về sửỷ dúng, quaỷn lyự toồng hụùp vaứ baỷo veọ taứi nguyẽn nửụực ụỷ caực lửu vửùc sõng chớnh vaứ giao Boọ NN&PTNT thửùc hieọn chửực naờng raứ soaựt, sửỷa ủoồi, boồ sung quy hoách phaựt trieồn heọ thoỏng tửụựi tiẽu, rửứng vaứ nõng nghieọp ủaởc bieọt laứ cho caực múc ủớch sửỷ dúng nửụực trong tửụựi tiẽu, caỏp nửụực, phaựt trieồn thuỷy ủieọn vaứ nuõi trồng thuỷy saỷn.
Trẽn cụ sụỷ Luaọt Taứi nguyẽn nửụực, Hoọi ủồng Quoỏc gia về taứi nguyẽn nửụực ủaừ ủửụùc thaứnh laọp theo quyeỏt ủũnh soỏ 67/2000/Qẹ-TTg ngaứy 15/6/2000. Theo chửực naờng cuỷa mỡnh vaứ vụựi caực uyỷ viẽn laứ ủái dieọn caực Boọ ngaứnh liẽn quan, Hoọi ủồng seừ giuựp tieỏn tụựi quaỷn lyự taứi nguyẽn nửụực moọt caực toồng hụùp. ẹồng thụứi Hoọi ủồng seừ tử vaỏn cho Chớnh phuỷ về caực vaỏn ủề chớnh saựch, chieỏn lửụùc vaứ thõng qua quy hoách lửu vửùc sõng vaứ caực dửù aựn lụựn về phaựt trieồn nguồn nửụực, giaỷi quyeỏt tranh chaỏp về nửụực vaứ caực khớa cánh Quoỏc teỏ về phaựt trieồn vaứ quaỷn lyự taứi nguyẽn nửụực.