Nguyên tắc của kỹ thuật PCR – SSR bởi các mồi đơn, các sinh vật có bộ gen giống nhau khi điện di sẽ cho số băng và kích thước các đoạn DNA như nhau. Ngược lại, khi bộ gen các mẫu kiểm tra khác nhau sẽ cho kết quả khác nhau trên điện di đồ. Tự sự khác nhau này có thể tính toán được hệ số tương đồng di truyền để chỉ ra được mối quan hệ giữa các mẫu nghiên cứu.
Trong thí nghiệm này chúng tôi đã sử dụng 17 chỉ thị phân tử để phân tích đa dạng của 25 giống lúa nếp. Kết quả thu được 10 mồi cho điện di đồ đa hình và 7 mỗi đơn hình.
1 Nếp Gà Gáy 13 10165 2 NCHV 14 10299 3 NCHV ĐB 15 10811 4 10132-3-1 16 10861 5 10132-3-2 17 10883 6 10132-3-3 18 10911 7 10132-6 19 10912 8 10180-2 20 10913 9 10180-6 21 10914 10 10222-1 22 10915 11 10222-2 23 10916 12 10147 24 10919 25 10921-1
4.3.2.1. Kết quả phân tích với mồi RM-154
Hình 4.7. Kết quả điện di đồ PCR của mồi RM-154 M 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
Sản phẩm PCR – SSR của 25 giống lúa Nếp với chỉ thị RM-154, nhiệt độ gắn mồi là 610C ( M: Marker. Giếng 1: Nếp Gà Gáy; 2: NCHV; 3: NCHV ĐB; 4: 10132-3-1; 5: 10132-3-2; 6: 10132-3-3; 7: 10132-6; 8: 10180-2; 9: 10180-6; 10: 10222-1; 11: 10222-2; 12: 10147; 13: 10165; 14: 10299; 15: 10811; 16: 10864; 17: 10883; 19: 10911; 20: 10912; 21: 10913; 22: 10914; 23: 10915; 24: 10919; 25: 10921-1).
Qua điện di sản phẩm PCR-SSR của chỉ thị RM-154 ta thu được kết quả như trong hình 4.6. Có tất cả 2 phân đoạn được nhân bản với kích thước từ 100bp đến 150bp. Trong đó có 1 phân đoạn đa hình (chiếm 50% tổng phân đoạn).
4.3.2.2. Kết quả phân tích với mồi RM-536
Hình 4.8. Kết quả điện di đồ PCR của mồi RM-536
Sản phẩm PCR – SSR của 25 giống lúa Nếp với chỉ thị RM-536, nhiệt độ gắn mồi là 550C ( M: Marker. Giếng 1: Nếp Gà Gáy; 2: NCHV; 3: NCHV ĐB; 4: 10132-3-1; 5: 10132-3-2; 6: 10132-3-3; 7: 10132-6; 8: 10180-2; 9: 10180-6; 10: 10222-1; 11: 10222-2; 12: 10147; 13: 10165; 14: 10299; 15: 10811; 16: 10864; 17:
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
10883; 19: 10911; 20: 10912; 21: 10913; 22: 10914; 23: 10915; 24: 10919; 25: 10921-1).
Qua điện di sản phẩm PCR-SSR của chỉ thị RM-536 ta thu được kết quả như trong hình 4.7. Có tất cả 3 phân đoạn được nhân bản với kích thước từ 300bp đến 400bp. Tất cả 3 phân đoạn đều đa hình (chiếm 100% tổng phân đoạn).