Đối với quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông, cần rà soát, xác định các lưu vực sông quan trọng cần ưu tiên triển khai thực hiện trước để từng bước thực hiện. Việc xác định thứ tự ưu tiên lập quy hoạch đối với các lưu vực sông, nguồn nước căn cứ vào đặc điểm lực vực sông, nguồn nước và quy mô vùng quy hoạch (vị trí địa lý, diện tích, tổng lượng nước, chất lượng nước, tình trạng khai thác, sử dụng nước, xả nước thải, các đặc điểm về kinh tế - xã hội, các đặc trưng về môi trường, mức độ phụ thuộc vào nguồn nước của các đối tượng sử dụng nước tại lưu vực sông). Xác định các đặc trưng, tầm quan trọng và mực độ tác động của từng lưu vực sông, nguồn nước đối với người dân, sự phát triển kinh tế - xã hội và môi trường từ đó xác định thứ tự ưu tiên để lập quy hoạch. Thứ tự ưu tiên lập quy hoạch đối với các lưu vực sông, nguồn nước trên cơ sở quy mô và mức độ tác động đến người dân,
Việc xác định danh mục lưu vực sông, danh mục nguồn nước là căn cứ để thực hiện các nội dung quản lý tài nguyên nước theo lưu vực sông, nguồn nước.
-Danh mục lưu vực sông, danh mục nguồn nước theo điều 7 Luật tài nguyên nước số 17 bao gồm:
+ Lưu vực sông liên tỉnh: bao gồm các lưu vực sông có diện tích lưu vực nằm trên địa bàn từ hai tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên.
+ Lưu vực sông nội tỉnh: bao gồm các lưu vực sông có diện tích lưu vực nằm trên địa bàn một tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
- Danh mục nguồn nước bao gồm: + Nguồn nước liên tỉnh;
+ Nguồn nước nội tỉnh; + Nguồn nước liên quốc gia.
- Bộ Tài nguyên và Môi trường tổ chức lập danh mục lưu vực sông liên tỉnh trình Thủ tướng Chính phủ ban hành; lập, ban hành danh mục lưu vực sông nội tỉnh, danh mục nguồn nước liên tỉnh, liên quốc gia.
- Ủy ban nhân dân cấp tỉnh lập, ban hành danh mục nguồn nước nội tỉnh trên địa bàn.